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泰圣康源医学研究院与中国科学院北京生命科学研究院达成合作玻璃缘

泰圣康源医学研究院与中国科学院北京生命科学研究院达成合作

12月9日,北京泰圣康源生物医学研究院与中国科学院北京生命科学研究院在泰圣康源生命科学馆举行了签约仪式。在签约仪式上,于福江董事长代表泰圣康源生物医学研究院进行了发言,他讲到,在这里,我们汇聚了多位院士专家,行业精英,所在的领域、共同的目标与方向均在生物医学。此次两家研究院的携手将会在干细胞、免疫细胞、基因等生物制剂的联合研究上,为生物医学产业的发展蓄势谋远。在专业领域,孙中生教授及其领导的科研组是目前中国在遗传基因领域的领军团队,他们所取得的科研成果,无不昭示着我国生命科学领域创新的勃勃生机,在生命科学研究领域里,他们也是不可忽视的重要群体。此次与泰圣康源医学研究院的签约,不仅是专家人士之间的学术碰撞,更多的是让科研项目落地实施,在实践层面上走出成果,更快的将科技转化为生产力。仪式最后,在场嘉宾共同为双方的联合研究以及未来送上祝福,期待共同为生物医学产业的发展贡献一份力量。这也将进一步为泰圣康源生物医学研究院“研发、转化、医养、教育、运营”五位一体的全生命产业链赋予强大能量,研究院也会继续紧跟学科发展前沿,面向国家战略性新兴产业发展,打造生命科学的优质平台。文/北青-北京头条 温冲内容来自北京头条客户端[ 北京头条客户端 ]【来源:青瞳视角】声明:转载此文是出于传递更多信息之目的。若有来源标注错误或侵犯了您的合法权益,请作者持权属证明与本网联系,我们将及时更正、删除,谢谢。 邮箱地址:newmedia@xxcb.cn

和同

中科院北京生命科学研究院赵方庆团队发表环形RNA数据挖掘新技术

近日,中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队在Nature Biotechnology杂志上发表了题为“Comprehensive profiling of circular RNAs with nanopore sequencing and CIRI-long” 的文章。该团队开发了一种高效测定环形RNA全长转录本的实验和计算方法:利用随机引物对环形RNA进行的滚环反转录扩增后,使用纳米孔测序技术对环形RNA的全长序列进行直接测序,并开发了CIRI-long 算法,实现对长测序读段中的环形RNA序列进行识别和全长重构。实验结果表明,与传统的环形RNA二代测序技术相比,该方法将环形RNA检测灵敏度提升了20倍,并可实现对不同长度(<100bp - 5kb)的环形RNA全长序列的无偏识别,大幅提升了环形转录本的重构能力,为其功能研究提供了重要的实验方法和计算工具。环形RNA是一类在真核生物中广泛存在的具有特殊环状结构的RNA分子。目前研究表明,在生物体内,环形RNA主要通过其序列特征,发挥miRNA海绵、RBP海绵以及翻译短肽等重要的生物学功能。因此,确定环形RNA的全长序列,是进行环形RNA功能研究的重要基础。由于环形RNA的内部序列与线性mRNA分子高度相似,在数据中很难区分来自环形RNA和线性RNA分子的读段。因此,目前研究方法对于环形RNA结构的识别能力主要被二代测序的读长所限制,对于长度较长(>500bp)的环形RNA分子,仍然缺少有效的全长重构手段。在此基础上,赵方庆团队构建并优化了环形RNA建库流程,使用随机引物对环形RNA进行滚环反转录扩增,结合片段长度筛选 (~1kb),针对长度更长的目标cDNA片段进行富集,最后使用纳米孔测序技术,实现了对目标环形RNA的全长序列进行直接测定。同时,研究人员进一步开发了CIRI-long算法,对纳米孔测序数据中的环形RNA结构进行了识别,并使用偏序比对算法,对纳米孔测序带来的测序错误进行了校正。随后,CIRI-long基于基因注释和剪接信号信息,提供单一样本内和多样本间结果的整合与校正方法,实现了环形RNA的准确识别和全长重构。图1,环形RNA全长重构的实验与计算流程。为了评估CIRI-long方法的准确性和效率,研究人员利用模拟数据和多次实验重复,对CIRI-long结果进行了综合评估,发现该方法具有较高的灵敏度,并且与实验结果保持了高度的一致性。同时,结合二代测序结果以及公共数据库的全面分析表明,CIRI-long可以有效地对高表达环形RNA进行识别,且与二代测序方法相比,CIRI-long对环形RNA的检测效率有着近20倍的提升,对表达丰度较低的环形RNA有着更好的识别效果,同时可以识别到长度更长的环形RNA分子,大幅提升了环形RNA全长的检测能力。图2,基于Nanopore测序的环形RNA实验技术。利用该方法,研究人员进一步发现了一类由内含子自连形成的新型环形RNA分子(Intronic self-ligated circRNA)。这类环形RNA具有特殊的剪接位点内侧的GT-AG信号和较高的两侧序列保守性,在之前的工作中缺乏普遍的研究。此外,研究人员在小鼠不同组织中,对内含子自连型环形RNA的表达模式进行了进一步探究,并发现了Tpm1基因可以产生一个长度为767 bp的内含子自连型环形RNA ——circTpm1。与Tpm1基因的其他内含子相比,该分子成环区域具有相对较高的保守性,并且与线性mRNA在组织间具有截然不同的表达模式,说明circTpm1并非其母本基因转录的副产物,可能具有一定的生物学功能。图3,基于纳米孔测序全面揭示环形RNA的多样性。综上,研究人员开发了基于纳米孔测序技术的环形RNA全长识别流程CIRI-long,通过结合滚环反转录扩增和纳米孔长读长测序技术,可以直接测定环形RNA的全长序列,实现了对环形RNA的高灵敏度检测和内部结构重构。与传统的二代测序方法相比,CIRI-long大幅提升了环形RNA全长重构能力,并可实现与二代测序相近的分析成本。同时,CIRI-long提供了样本间整合分析的工具,并针对纳米孔测序的高错误率建立了有效校正方法,为环形RNA的功能研究提供了重要的方法学工具,具有很高的应用价值。该研究由中科院北京生命科学研究院赵方庆研究员团队完成,并获得了国家自然科学基金委杰出青年基金、科技部重点研发计划及中国科学院的经费支持。赵方庆团队在前期的工作中建立了环形RNA识别、可变剪接检测及定量等一系列方法,相关研究发表在Nature Biotechnology (2021)、Nature Communications (2016, 2020)、Genome Biology (2015, 2020)、Briefings in Bioinformatics (2018)、Trends in Genetics (2018)、Genome Medicine (2019)、Cell Reports (2019)和Bioinformatics (2020)。这些研究丰富了我们对环形RNA的组成及结构的认识,为深入了解这一类特殊的RNA分子提供了重要工具和数据支持。相关论文信息:https://dx.doi.org/10.1038/s41587-021-00842-6

其化均也

生命研究所里有个“王大胆”

王晓东院士央视网消息:在北京西北郊坐落着一栋四层红色小楼——北京生命科学研究所。这里被誉为中国最高效的研究所。所长王晓东是中国科学院、美国国家科学院的“双料”院士,他用自己独到的管理方式和学识眼光,引领着一批最杰出的科研人员,在这里筚路蓝缕,呕心沥血,探寻人类生命的新知。北生所自2005年正式挂牌成立。和国内大多数科研机构不同,在北生所,从所长到所有工作人员实行合同聘用制。科研人员不用申请课题,每年就能得到200万到300万的固定经费,根据自己的特长与兴趣,进行自由探索,不用跟着国际热点或“专家”制定的指南走。北生所做的是探索性基础研究,科学家需要在一个宽松和谐的环境下展开研究。在这里,包括晓东在内,大家都是平等讨论交流,都是直来直去,不用拐弯抹角,只对事、不对人。谈到这一系列措施,王晓生戏称自己是“王大胆”。尽管“大胆”,可是在探路的过程中王晓东却非常务实。去一些科研机构参观,看着挂满一墙的专利,他觉得这实在是一种糊弄外行的浪费,因为专利的申请和维持都需要不菲的费用,不能转化的专利失去了存在的意义。“真正原始创新的科研无章可循。研究者要有心灵上的自由。”王晓东从科研角度,阐述了自己的管理理念。早些年在美国工作时,王晓东取得过多项国际一流研究成果。他的学术论文发表在《科学》《自然》《细胞》等国际顶尖学术期刊上。2004年4月,41岁的王晓东当选为美国国家科学院院士,成为当时中国内地20多万赴美留学生中进入美国科学界最高殿堂的第一人。在担任北生所所长后的10多年里,王晓东按照自己的理念,形成北生所的制度与风格,精心耕耘着这块试验田。如今,所里已建成11个专门技术辅助中心,可以为所有试验室提供专业服务。北生所只有20多名行政人员,却能够承担起全所几百人的所有杂事,大到采购设备,小到进口实验用小白鼠,甚至连租房子等事情都会为科学家办好。目前,北生所共有实验室25个,科研辅助中心12个,累计吸引50多位海外优秀高水平留学人员全职回国工作。科研人员独立发表文章257篇,在国外《科学》《自然》等核心期刊上发表论文已有31篇,在国内外相同领域研究机构处于领先地位。对乙肝病毒的新发现,为未来相关药物研发打开崭新的大门;发现植物第六类激素——脱落酸的受体,被同行认为是能够写进教科书的经典发现;动物病原浸染的新型裂解酶方面、植物与病原微生物间相互作用机理研究成果,均填补国际空白……“我现在对大家的科研探索很满意。这里聚集了一批对科研充满热情的年轻人。我希望实验室有良好的状态。现在是所里最好的时期之一。”王晓东说。(材料来源:中国青年报 科技日报 新华网)

拉巴特

北京生命科学研究所所长王晓东:在中国也能做世界一流科研

“要么不做,要做就做最好”,这一直是北京生命科学研究所(下称“北生所”)所长王晓东的座右铭。记者翻看他的履历,发现其人生轨迹正如这一座右铭所言,无论做管理还是科研,都力求做到一流。近日,鉴于其对推动北京市生命科学技术和生物医药产业发展的贡献,王晓东获得第三届北京市华侨华人“京华奖”。自2003年起,王晓东负责筹建北生所。作为科技体制改革的“试验田”,北生所采取与国际接轨的管理和运行机制,旨在为中国建立世界一流的生命研究所,做出世界一流研究成果。多年来,王晓东一直在思考:中国的科学发展到底需要什么?怎样才能在中国做出影响世界的科学?王晓东给出的答案是:人才、机制和文化。“北生所最重要的任务,就是建立符合科学发展的文化和体制环境,并以此为载体,吸引有科学训练和科学追求的年轻人。”对此,北生所主要的科学家要求全球公开透明招聘;对人才评定打破学术背景、论文等限制,着重强调能力;打破科研“铁饭碗”,采用全员聘用制,五年内不问成绩,充分给予科研自由;建立有竞争力的年薪制及给予稳定科研经费支持;文化氛围追求卓越,讲求批判性思维……经过十多年的特殊化发展,北生所内科研人员已在《科学》《自然》《细胞》等国际知名学术期刊上发表论文30余篇;2012年,全球著名研究机构美国霍华德·休斯医学研究所,授予来自17个国家的28位科研人员“国际优秀青年科学家”称号,入选的7名中国科学家中,北生所独占4席。不仅管理工作,王晓东取得的科研成果同样可圈可点。他从事细胞凋亡研究,自1996年独立领导实验室至今,其团队发现了细胞凋亡的生化通路与其作用机理,研发出针对肿瘤细胞凋亡的新型实验性肿瘤治疗药物,获得多项国际生物研究奖,包括2006年“邵逸夫生命科学与医学奖”。为了让科研成果转化为实际社会效益,2011年初,王晓东和具有十多年制药公司管理经验的美国企业家欧雷强发起创办百济神州(北京)生物科技有限公司(下称“百济神州”),研发全球领先的抗癌新药。“要做就做全球最好的抗癌新药。”这是公司成立之初,王晓东和欧雷强达成的共识。“国外最新的药物专利发表后,我们很快就能进行解析,并跟自己正在开发的药物对比,如果发现我们研发的新药没有国外好,就坚决放弃,重新设计。”临床结果显示,他们研发的靶向型药物明显优于同类其他药物。德国老牌制药企业默克旗下生物制药公司默克雪兰诺出资5亿美元购买了两个药物的海外市场开发权,成为我国新药研发历史上的一个里程碑。一路追求卓越,王晓东一直希望在中国做出影响世界的科学发现,“科学家以身作则,在中国也能做世界一流的科研”。中国生物技术网诚邀生物领域科学家在我们的平台上,发表和介绍国内外原创的科研成果。注:国内为原创研究成果或评论、综述,国际为在线发表一个月内的最新成果或综述,字数500字以上,并请提供至少一张图片。投稿者,请将文章发送至weixin@im.ac.cn。本公众号由中国科学院微生物研究所信息中心承办近期热文TOP15(统计周期:2017.2.1-2017.12.20)直接点击文字即可浏览!1、补牙或将成为历史?2、科学你慢慢学,中医我先治病去了3、科学告诉你应该多久洗一次澡4、新证据:喝咖啡能延长寿命! 5、据说,这是生物医学硕士博士生的真实的生活写照6、一顿早餐到底有多重要?7、情商也是把双刃剑!高情商或让你更脆弱8、施一公:压死骆驼的最后一根稻草,是鼓励科学家创业!9、“科学禁食法”真能降低重大疾病风险10、睡眠科学家揭示出8种睡好觉的秘诀11、有志者事竟成!2型糖尿病成功被逆转12、每周两半小时,任何形式的锻炼都可以使你更长寿13、喝醉以后,你以为睡一觉就没事儿了?!14、仰卧起坐等或将成为延寿运动? 15、冥想、瑜伽、太极等不仅能够改善身心健康...

独有之人

北京生命科学研究所邵峰研究员当选德国科学院院士

日前,据德国国家科学院(German National Academy of Sciences)官方网站显示,北京生命科学研究所(NIBS)资深研究员、科研副所长、中国科学院院士邵峰博士新当选为2019年度德国国家科学院院士。邵峰博士1996年毕业于北京大学技术物理系,1999年于中科院生物物理所获得硕士学位,2003年美国密西根大学生物化学系获得博士学位,现为北京生命科学研究所资深研究员、科研副所长。邵峰博士长期研究病原细菌和宿主相互作用机理,在致病菌毒力机制以及抗细菌天然免疫方向均取得系列重要原创性发现:包括发现细菌内毒素(LPS)、LPS合成前体糖分子ADP-heptose(Nature丨邵峰组发现细菌中新的模式识别受体)、细菌鞭毛以及病原菌三型分泌系统的胞内天然免疫受体【1-3】,进而揭示和阐明了这些受体组装形成的炎症小体下游的炎性caspase通过剪切活化Gasdermin D(GSDMD)蛋白诱导细胞焦亡的确切分子机制【4-6】;这些发现为败血症药物和细菌疫苗的研发提供了新的理论基础,其中有关Gasdermin家族蛋白的鉴定和机制的阐述也将细胞焦亡的概念重新定义为由Gasdermin家族介导的细胞程序性坏死【7】。邵峰博士已发表学术论文近100篇,总引用>10,000次(细胞焦亡的突破性工作发表在Nature上3年多以来,目前论文被引次数超过800),2005年回国后以通讯作者在Nature、Science和Cell三大杂志发表研究论文14篇;获得多项国际和国内重要奖项,包括周光召杰出青年基础科学奖、HHMI国际青年科学家奖、国际蛋白质学会鄂文西格青年科学家奖、吴阶平-保罗杨森基础医学奖以及何梁何利基金科学与技术奖等,入选北京市海外高层次人才工程、国家百千万人才工程、首届“北京学者”以及国家万人计划(领军人才),为享受国务院特殊津贴专家,2015年当选为中科院院士和EMBO的外籍成员,2016年当选为美国微生物学院会士(Fellow),2019年当选为德国国家科学院院士。截止到2019年,一共有8位中国籍学者入选德国国家科学院院士,他们分别是:路甬祥(2005年当选德国科学院院士,中国科学院院士、中国工程院院士)卢柯(2005年当选德国科学院院士,中国科学院院士、美国国家科学院院士)张杰(2007年当选德国科学院院士,中国科学院院士、美国科学院院士)来茂德(2011年当选德国科学院院士,中国药科大学校长)杨焕明(2012年当选德国科学院院士,中国科学院院士)李家洋(2012年当学德国科学院院士,中国科学院院士、美国科学院院士)曹雪涛(2013年当选德国科学院院士,中国科学院院士、美国国家医学科学院院士、南开大学校长)邵峰(2019年当选德国科学院院士,中国科学院院士、北京生命科学研究所副所长)德国科学院起源于1652年成立的利奥波第那科学院(Leopoldina),利奥波第纳是德语国家(注:德国、奥地利、瑞士)最古老的学者社会,已经有350多年不间断的历史(成立于1652年,以神圣罗马帝国皇帝利奥波德一世命名)。在整个历史中,利奥波第那科学院的原则始终如一:学者自由联合,推动超越学科和国界的科学发展。约四分之三的成员来自德语国家,四分之一来自其他国家。自1991年4月以来,利奥波第纳一直是一个注册的、非营利的协会,2008年,利奥波第纳成为德国的国家科学院(German National Academy of Sciences)。目前德国科学院由1600多位院士组成,先后有179位诺贝尔奖获得者为德国科学院院士。

而本无形

壮丽70年 奋斗新时代:北京生命科学研究所二期年底竣工

7月16日,工作人员在北京生命科学研究所袭荣文实验室工作(图片来源:tuku.qianlong.com)。千龙网记者 鄂晓颖摄千龙网北京7月17日讯(记者 鄂晓颖)中关村生命科学园是国家级生物医药产业基地,也是中关村国家自主创新示范区的重要组成部分,从2000年建园伊始,始终以建设代表世界先进水平的生命科学研究高地为目标,着力抢占生物医药产业未来发展制高点。园区入驻院士工作站5个、博士后科研工作站18个、国家工程研究中心和重点实验室8个、省部级研发中心13个,包括北京生命科学研究所、北京脑科学与类脑研究中心,国家蛋白质科学中心(北京)等一批优秀科研机构。北京生命科学研究所(以下简称北生所),被视为中国科技体制改革的“试验田”,由科技部、发展改革委员会、教育部、卫生部、中国科学院、国家自然科学基金委、北京市政府、中国医学科学院等8个部委为主体组成理事会,共同管理北生所的筹建和运行工作。北生所在生命科学多个重要领域进行原创性研究,包括多种人类致病细菌、病毒和衣原体感染机制、动物社会行为的神经基础、衰老机制、干细胞研究、神经退行性疾病研究、发育和遗传、肿瘤发生机理与治疗、动物细胞自噬机理等。北生所为科研人员创造了全身心投入科研的成长环境,吸引了一批处于科研创新高峰期的海外优秀青年人才回国开展独立研究工作,建立了一支高水平的科研队伍。北生所二期正在建设,预计2019年底竣工,届时科研规模将翻一番。其中最为优秀的5位青年人才已在北生所组建自己独立实验室,他们分别是来自美国德克萨斯大学西南医学中心的韩霆博士、日本国际睡眠研究中心教授刘清华博士、美国斯克利普斯研究所的李超博士、美国纽约大学医学院Skirball研究所的徐墨博士和来自美国哈佛医学院的郑三多博士。北生所自成立以来始终专注于原始创新、专注于科学本质、专注于解决人类面临的重大问题,科研工作涉及从基础分子生物学到生物化学、病毒学、神经生物学到疾病相关的生命科学各个领域,自2012年以来北生所独立发表文章189篇,合作发表文章44篇,累计SCI点数2267.99。北京生命科学研究所扩建工程用地位于北京市昌平区中关村生命科学园10-2B地块和11-1-a地块,用地性质为科研办公用地,总建设用地面积18617.786平方米,规划建设总建筑面积为32746.06平方米(地上建筑面积为22341.34平方米,地下建筑面积为10404.72平方米,包括01子项综合服务楼和02子项应用试验楼两部分。开工日期为2018年2月,计划竣工日期为2019年12月底。7月16日,工作人员在北京生命科学研究所袭荣文实验室做实验(图片来源:tuku.qianlong.com)。千龙网记者 鄂晓颖摄7月16日,工作人员在北京生命科学研究所袭荣文实验室做实验(图片来源:tuku.qianlong.com)。千龙网记者 鄂晓颖摄7月16日,工作人员在北京生命科学研究所袭荣文实验室工作(图片来源:tuku.qianlong.com)。千龙网记者 鄂晓颖摄

性具

祝贺!北京生命科学研究所所长王晓东获费萨尔国王科学奖

记者刚从北京生命科学研究所获悉:当地时间1月9号,北生所所长王晓东博士获得沙特阿拉伯王室设立的费萨尔国王科学奖(King Faisal Prize),成为第五位获此殊荣的华裔科学家。该奖旨在奖励王晓东在人类细胞线粒体凋亡通路和细胞程序性坏死的生物化学及其生理学方面的发现,奖励包括20万美金奖金和一枚200克24K金质奖章。费萨尔国王基金会成立于1976年,是为了纪念费萨尔本阿卜杜勒-阿齐兹国王而由其子女建立。从1979年开始颁发费萨尔国王奖,1984年增设科学奖,每年在数学、物理、化学和生物学领域轮流设奖。费萨尔国王奖历年获奖者中曾有21人次获诺贝尔奖。王晓东博士是美国科学院院士、中国科学院外籍院士,是第五位华裔费萨尔国王奖得主。其他四位分别为:朱棣文(1993物理)、杨振宁(2001物理)、陶哲轩(2010数学)和卢煜明(2014医学)。来源:人民日报客户端 | 作者 赵永新 编辑:黄品超流程编辑:郭丹

毛亨

北京泰圣康源生物医学研究院与中科院生命科学研究院签署合作协议

2020年12月9日,北京泰圣康源生物医学研究院与中国科学院北京生命科学研究院在泰圣康源生命科学馆举行了签约仪式。北京泰圣康源生物医学研究院董事长于福江、院长柏雪峰、中国科学院北京生命科学研究院孙中生教授等双方代表出席了签约仪式。在签约仪式上,于福江董事长代表泰圣康源生物医学研究院进行了发言,他讲到,今天,我们汇聚了多位院士专家,行业精英,所在的领域、共同的目标与方向均在生物医学,生物医学是未来产业,更是新一轮科技革命的主导产业,此次两家研究院的携手,无疑是一个令人振奋的好消息,双方将会在干细胞、免疫细胞、基因等生物制剂的联合研究上,为生物医学产业的发展蓄势谋远,竭诚守护人民的生命健康。这是研究院的使命,也是每一个科研人的坚守。在双方代表的见证下,两家研究院签署了合作协议。在专业领域,孙中生教授及其领导的科研组是目前中国在遗传基因领域的领军团队,他们所取得的科研成果,无不昭示着我国生命科学领域创新的勃勃生机,在生命科学研究领域里,他们也是不可忽视的重要群体。此次与泰圣康源医学研究院的签约,不仅是专家人士之间的学术碰撞,更多的是让科研项目落地实施,在实践层面上走出成果,更快的将科技转化为生产力。仪式最后,在场嘉宾共饮美酒,为双方的联合研究以及未来送上祝福,期待共同为生物医学产业的发展贡献一份力量。这也将进一步为泰圣康源生物医学研究院“研发、转化、医养、教育、运营”五位一体的全生命产业链赋予强大能量,研究院也会继续紧跟学科发展前沿,面向国家战略性新兴产业发展,打造生命科学的优质平台,力争做出民族品牌,国家品牌。

性空

中科院赵方庆团队Genome Biology发表环形RNA大数据整合挖掘平台

2020年4月28日,中国科学院北京生命科学研究院的赵方庆团队在国际期刊Genome Biology发表题为CircAtlas: an integrated resource of one millionhighly accurate circular RNAs from 1070 vertebrate transcriptomes的研究论文。该研究基于现有的海量转录组数据,采用多维数据智能整合分析手段,成功解析了跨物种、多组织、大样本的环形转录本表达特征和进化规律,为探索真核生物复杂多变的环形RNA全貌和产生机制提供了强有力的数据支持。近年来,环形RNA作为一类新型的内源性非编码RNA在生物系统调控和疾病发展过程中的意义不断被扩展。高通量测序技术的快速发展和广泛应用,更是将环形RNA研究带入了大数据时代,使之迅速成为 RNA研究领域的热点之一。环形RNA转录组数据的大量积累,给研究人员带了新的机遇和挑战:如何从转录组数据海洋中高效筛选和获取具有重要生物学功能的环形RNA分子。物种信息的日益丰富为全面解读复杂的环形RNA转录调控过程打开新的突破口:基于多物种的进化保守性分析将有助于筛选出具有潜在功能的环形转录本,而多组学数据的整合分析则可以从不同层次解析环形RNA的表达调控过程。研究人员通过整合自有及公共转录组数据,获得覆盖6个物种(人、猴、小鼠、大鼠、猪和鸡)的19个组织类型,共计1070个转录组数据集,构建了目前覆盖物种最广、数据最齐全的环形RNA整合数据资源平台circAltas (http://circatlas.biols.ac.cn)。该平台收录超过100万个高质量的环形RNA分子,其中>80%具有全长转录本序列。此外,通过整合功能组学数据和注释信息,为环形RNA数据挖掘和功能研究提供了重要的数据资源和技术保障。图1. 环形RNA整合数据资源和挖掘平台——circAtlas在上述数据的基础上,他们进一步提出了新的保守环形RNA识别方法和保守性多层次评估机制。通过结合全局比对和反向剪接位点的局部比对特征,筛选出超过12万保守的环形RNA,并进一步结合物种间、组织间和个体间的表达一致性对其保守性进行打分(Multiple Conservation Score),直观反映出环形转录本在不同层次的保守性和进化规律,对功能环形RNA分子的筛选具有重要意义。此外,研究人员还结合保守性和表达量信息,对收录的环形RNA进行重新命名,并提供多个环形RNA数据库间的名称查询和转换功能,厘清了环形RNA领域存在的命名混乱问题。此外,利用重建的环形RNA全长序列,该团队首次通过大规模分析其可能的ORF和IRES序列,去预测其翻译成蛋白质的潜力。进一步结合CLIP等多组学数据,构建环形RNA和mRNA、miRNA及RBP的表达调控网络,并结合网络中众多调控元件的注释信息对环形RNA的功能进行预测。该研究为环形RNA的功能挖掘和注释提供了重要的分析工具。图2. 保守性环形RNA的识别和打分策略该工作由赵方庆课题组的博士研究生吴婉莹和助理研究员冀培丰完成,并获得了国家自然科学基金委、科技部重点研发计划及中国科学院的经费支持。赵方庆团队在前期的工作中建立了环形RNA识别和质控、转录本组装、可变剪接识别及定量等一系列方法和工具,相关研究发表在Genome Biology (2015, 2020)、Nature Communications (2016,2020)、Briefings in Bioinformatics (2017)、Trends in Genetics (2018)、Genome Medicine (2019)、Cell Reports (2019)和Bioinformatics (2020)。这些研究丰富了我们对环形RNA的表达和功能的认识,为深入了解这一崭新类型的非编码RNA分子奠定了方法学基础。

金不换

42岁,他成中科院最年轻院士

11月22日,2019年中国科学院院士增选当选院士名单公布。根据《中国科学院院士章程》和《中国科学院院士增选工作实施细则》的规定,2019年中国科学院选举产生了64名中国科学院院士和20名中国科学院外籍院士。新京报记者注意到,新产生的64名院士中,数学物理学部11人,化学部10人,生命科学和医学学部10人,地学部11人,信息技术科学部7人,技术科学部15人。新当选院士中,女性6名;平均年龄55.7岁,最小年龄42岁,最大年龄67岁,60岁(含)以下的占87.5%。其中,最年轻的是42岁的孙斌勇,现为中国科学院数学与系统科学研究院研究员,专业是基础数学。2011年,他被破格晋升为中国科学院数学与系统科学研究院研究员,2012年入选中组部首届“青年拔尖人才计划”,2014年获陈嘉庚青年科学奖,2016年获中国优秀青年科技人才奖。今年1月,孙斌勇的“典型群表示论”项目被评为国家自然科学奖二等奖。上次在该领域的获奖者是我国著名数学家华罗庚,他于1956年获得首届国家自然科学奖一等奖。图为今年1月,孙斌勇获国家自然科学奖二等奖。孙斌勇1976年11月出生于浙江舟山,曾以满分成绩获得浙江省数学奥林匹克竞赛第一名,因课业成绩优异,被保送至浙江大学数学系。之后在香港大学参加了莫毅明院士等人组织的李群研习课程后,孙斌勇于2001年进入香港科技大学,师从励建书院士学习李群表示论,并于2004年取得博士学位。2005年起,孙斌勇入职中国科学院数学与系统科学研究院,致力于典型群无穷维表示论中重大问题的研究,并取得了突破性进展。他和合作者最终证明了典型群重数一猜想,以及典型群Theta对应理论中三个最基本猜想:重数保守猜想、守恒律猜想和对偶猜想。2017年,孙斌勇又以自己博士论文里的结果为基础,证明了上世纪70年代著名学者提出的L-函数非零假设。新京报记者注意到,孙斌勇出身农家,有一个哥哥孙斌辉,和一个双胞胎弟弟孙斌强。生活清贫,父母尽力将三个儿子培养成才。哥哥孙斌辉以全乡第一名的成绩考入被舟山最好的高中,后成为武汉交通科技大学硕士研究生,毕业后分配到宁波港务局工作。孙斌勇的弟弟孙斌强高二时便参加高考,以全市第二的优异成绩被浙江大学破格录取,后成为浙江大学硕士研究生,2009年荣获中国科技进步二等奖,2010年被选为浙江省软件研发杰出人才,在杭州一电脑软件公司任部门经理。新京报记者梳理发现,此前中国最年轻的院士,是生于1973年1月的邵峰。邵峰是生物化学专家,现任北京生命科学研究所学术副所长、资深研究员,2015年当选为中国科学院生命科学和医学学部院士,时年42岁。此外,现任辽宁省副省长、九三学社中央副主席、中国科学院金属研究所沈阳材料科学国家研究中心主任卢柯,出生于1965年5月,2003年当选中国科学院院士,当时年仅38岁。记者 许腾飞校对 危卓