研究思路图

空闲时间，也不要懒惰呀！来和小喵一起看看文献吧！今天这篇文献主要是介绍INcRNA功能的原理和原因论文：The how and why of lncRNA function: An innate immune perspective(INcRNA功能的原理和原因：先天免疫视角）文章来源 | 非编码RNA研究园地（公众号ID:ZKQF-RNA)摘要下一代测序为人类转录体的组成提供了一个更完整的图像，表明大部分“蓝图”是大量不被理解的非蛋白质编码转录本。这包括新发现的一类基因，称为长非编码RNA(IncRNAs)。由于不同物种的印度RNA缺乏序列保守性，这意味着它们在生物学上的重要性最初受到了一些怀疑。IncRNAs通过与蛋白质、RNA、DNA的相互作用或这些相互作用的组合来介导它们的功能。它们的功能通常由它们的定位、序列和/或二级结构决定。在这里，我们提供了一个典型的方法，以研究这些基因的复杂性，重点是最近发现的先天免疫领域采取的方法。最后，我们讨论了挑战，以及新技术的出现，这些新技术将继续推动这一领域的发展，并能更深入地了解这类基因的生物学重要性。本文是Kotb Abdelmohsen编辑的题为：控制基因表达的ncRNA专刊的一部分。导言虽然编码基因在免疫细胞功能中的作用已被很好地描述，但是incRNAs在这些过程中的作用才刚刚开始显现。在这里，我们以巨噬细胞激活的生物模型系统为框架，展示了我们如何研究INcRNA生物学。我们提供了一个循序渐进的指南，供我们在研究INcRNAs时参考.此外，我们还讨论了挑战，以及新技术的出现，这些新技术正在帮助我们研究这些基因的方式。INcRNA的分类和分子功能（A)根据它们相对于邻近蛋白质编码基因的基因组位置分类：双向的、基因间的、反义的、内含子的、增强子的、感重叠的。（B)图的左下角代表了如何转录调节INcRNA的活动。转录激活被描述为基本的“第一部分”，以及在刺激模式识别受体（PRR）后的炎症激活“第二部分”期间。三个incRNA例子基因显示了A、B和C。第三部分描述了INcRNA如何经历差异的异构体表达，这是共同调控的。在激活转录过程中，INcRNA可以进行差异剪接，也可以利用炎症刺激后新的转录起始位点，如脂多糖（LPS)。INcRNA的转录后调控分为三个部分：IV、V和VI。转录完成后，一个INcRNA可以经历几个过程。第四部分描述RNA修饰，它可以改变INcRNA分子的结构。这些修饰可以根据细胞的炎症状态添加或删除。第五部分描述了miRNA的生物发生过程，其中一个incRNA可以被加工成一个成熟的miRNA。第六部分表明，如果一个INcRNA有一个小的开放阅读框（SmORF),它也可以被翻译。（C)图的右下角显示了INcRNA在细胞核和细胞质中的调节功能。在活化转录（基本为I部分或炎症II部分）过程中，INcRNA可以抑制基因（mRNA基因A和C)或激活基因（mRNA基因A和B)。IncRNA可以是转录因子增强活化的支架，也可以是染色质重构蛋白打开或关闭染色质的支架。INcRNA还可以通过影响稳定性、改变剪接活性、修改修改或甚至影响成熟mRNA的上限来调节mRNA转录的转录第三部分。另外，INcRNA可以作为miRNA海绵，间接抑制miRNAs靶向mRNA的表达。最后，在翻译过程中，INcRNA可以通过与核糖体或mRNA转录体结合来调节mRNA的翻译。INcRNA的表达操控(A)RNA干扰作用于翻译后，在细胞质中降解转录本。(B)Gapmers是由RNA和~10 nt DNA序列的核心片段组成的，对RNase H通路起关键作用。(C)CRISPRI使用与KRAB结构域融合的CaS 9催化非活性版本。CRISPRi系统可以针对转录起始位点(TSS)诱导异染色质转录沉默。CRISPR/Cas9可用于标记(D)剪接位点，或(E)利用两个侧翼gRNAs删除INcRNA基因座的特定区域。(F)能在TSS下游插入多腺嘌呤基化信号(3-5)，从而导致转录的过早终止。这些多聚(A)信号可以由氧氟沙星位置侧翼，以允许其去除。(G)CRISPRa系统可针对转录起始点(TSS)诱导转录激活。(H)可以将incRNA序列(CDNA)克隆到带有天然启动子或构成活性启动子的质粒中(E.(EF1a，CMV)。根据每一列的副标题中描述的标准比较不同的工具。“靶”描述了INcRNA基因表达的哪些方面是靶向的，例如转录(CRISPRi，C)或转录后沉默(RNAi，A)。“可逆转的功能损失？”这个工具在细胞中的沉默作用是可逆的吗？一般来说，只有核酸酶活性的Cas9活性(D)是不可逆的，因为基因座的区域实际上被删除了。“表型类型”指的是该工具是否完全关闭了incRNA的表达。亚纯指的是，尽管有一定程度的压制，但仍有某种程度的表达。只有竞争移除该位点才能完全消除其表达。击倒核子干扰RNA？涉及到许多群体所做的观察，这些观察表明RNAi在核中并不十分活跃(与其他技术不同)。“表型时间”是指从计划实验到获得表型的时间。短：转染RNAi和ASO(A和B)仍然是最快速的表型途径，因为它们不需要克隆或修改细胞。中等：CRISPRi/a(C，G)除了产生功能CRISPRi/a细胞系外，还需要设计和克隆特定位点的RNA。中/长：CRISPR介导的缺失和加入多聚(A)信号(D和E)都需要筛选细胞(制造单细胞克隆)，以确定那些成功的修饰。INcRNA研究思路下面的流程图为研究lncRNA提供了一个指南。不是全部数据库中的lncRNA都适用于开展研究。候选lncRNA的选择应考虑lncRNA的表达、种类和附近编码基因的变化。lncRNAs的生物信息表征可以使用多种在线数据库完成。表达验证：包括表达验证和确认lncRNA实际上是非蛋白编码。功能验证涉及lncRNA调控基因表达，以及揭示转录物中对其功能重要的特定顺式元件。总结lncRNA已经被深入研究了几十年。当时我们还不知道这些RNA代表了基因组中产生的最大的RNA基因家族。RNA测序提供了对人类基因组前所未有的洞察，从而发现了大量的非编码RNA转录物。lncRNA的研究正以惊人的速度增长。通过查找已发布的RNA测序数据来选择lncRNA。此外，由于lncRNAs在表达模式上是细胞类型特异性的，单细胞测序技术的持续发展将不断优化和完善lncRNAs的数据库。

仪式是人类社会中一种特殊的文化现象。它既是文化符号表征的载体，也是文化传播的行为，沟通并维系着社会群体活动。从仪式视角研究传播活动，有助于拓宽传播学的研究思路。　从仪式视角考察传播活动仪式是人类的创造，也是人类的特征和人性的外化。浙江大学传媒与国际文化学院教授邵培仁谈到，在我国民俗传播和节日庆典中，仪式借助各种符号表征，重建了文化的“想象共同体”，使中华优秀传统文化在传承和发展中融入了现代元素，焕发出新的生机与活力。云南大学民族学与社会学学院教授郭建斌提出，传播活动是文化的另一种表达方式，从仪式的视角来考察传播活动，能够拓宽我们对于传播的理解视野，也更有可能让研究真正“落地”。　仪式化生存已成常态仪式传播更贴切的表达是“仪式交流、交往、沟通”。据深圳大学传媒与文化发展研究中心教授吴予敏介绍， 仪式的基础是仪式体系所规定的符号意义关系，场景是仪式存在的时空条件，通过场景交感创造观念、权力和价值认同是仪式的主要功能。随着社交媒体的普及，仪式化生存已然成为现代人的一种生活常态。邵培仁表示，当前，不仅全球的和本土的代表性文化仪式得以承继，新的文化仪式也在不断地被创造出来，并在传播中逐步充实、日益完善，形成媒介景观。这一过程既丰富了节日文化，推动了商品消费，也强化了人们的身份认同和文化认同。因此，当代仪式传播既是一种神圣的立约和宣誓过程，也是一种公开的娱乐和消费过程。当各种有意义的仪式符号一次次地被传承、创造、理解以及充分地使用、分享和传播，社会系统的生产、传输、营销、维系和消费进入良性循环，于是传播系统与社会系统构成了一种互动互助、共进共享的潜隐性文化生态。两大理论视域值得关注尽管仪式传播的概念很早就已经在我国出现，但具有独创性的经验研究成果却不多见。在吴予敏看来，这其中的原因在于传播学过度偏向效果和功能的分析；同时，在仪式传播的研究过程中，还缺乏稳定规范的方法论指导。目前我国仪式传播研究大致有三个取向，分别是关于仪式传播思想史的评述、以中国当代大众传播为主的研究、从当代文化研究跨越到传播研究。仪式传播研究中有两大理论视域值得关注。南京大学新闻传播学院教授胡翼青介绍，一是大型媒介事件以及讨论这些事件与国家认同、社会认同之间的关系；二是在非物质文化遗产中的仪式，以及仪式如何在参与者之间形成意义与情感的共享。这也恰恰体现了当下仪式传播研究中的两种路径。大型媒介事件，通过仪式神圣庄严场景的建构，实现凝心聚力、传达意义的功能，更接近于功能主义人类学方法。而民间的各种文化习俗通过参与者的“沉浸”，有效地实现情感、意义及文化的共在、共有和共享，从而形成文化认同，这更符合阐释主义人类学。这两类研究都超越了传统传播学效果研究的思维定式，在一定意义上为传播学研究增添了一种新的视角。　整合更多理论资源近年来，在仪式传播研究领域仍然存在着对“媒介事件”“仪式”“仪式观”等概念的误读、误用。在郭建斌看来，仪式传播的重点不在于对效果的，而是对某个或某些特定传播现象的意义的阐释。未来要在进一步厘清仪式传播概念基本内涵的基础上，整合更多、更为有效的理论资源，丰富仪式传播的“问题空间”。同时，借鉴人类学等学科的“田野调查”方法对传播现象进行较为深入的分析，并对这些现象的社会文化意义进行讨论，这也是一种仪式传播的研究思路。仪式传播对于中华文明的自我定义、中华民族价值认同、个体身份认同等具有重要意义。吴予敏建议，学者在研究中需要开阔文化视野，注重经验研究与文献研究并举。经验研究主要是对当代富于创意的仪式传播形态展开研究；文献研究是对我国仪式传播传统进行总结后，提炼出的具有中国特点的仪式传播方法论。来源：中国社会科学网-中国社会科学报 作者：段丹洁欢迎关注中国社会科学网微信公众号 cssn_cn，获取更多学术资讯。

近日，陆军工程大学首届军地高校研究生学术活动周在南京闭幕。来自国防科技大学、空军工程大学、北京大学、复旦大学等10余所军地高校的专家教授、研究生代表开展了为期一周的学术交流活动。此次学术交流活动由陆军工程大学倡导发起，旨在促进研究生跨学科、跨领域学术交流，推动军队研究生教育创新发展。活动由研究生学员策划安排、组织实施，以“前沿引领、筑梦强军”为主题，聚焦科技前沿、时代热点、研究难点展开研讨，重点打造高端学术讲座、教授讲堂、博士论坛、学术沙龙和回访交流等研学活动。活动邀请军内外知名专家教授作学术报告并针对研究生关注的出国访学、论文撰写、数模竞赛、国际周边形势和军事案例建设等问题开办学术沙龙。记者在现场看到，活动内容信息和军事特色突出，军地院校名家就科技前沿知识开展授课，军地研究生开展研讨，学员们从中了解前沿理论和技术动态，开阔学术研究思路。“探究学术真知是研究生培养的主旋律。我们通过首届军地高校研究生学术活动周这个平台，多视角互动、零距离交流，增进不同学科、不同领域的军地高校研究生交流合作，为研究未来世界打开一扇科技之窗。”陆军工程大学校领导说。

1、要坚守实业，确保“躯体”健康。要提升虚业，确保“生命”旺盛。要注重创新，确保“灵魂”不老。要注重金融，确保“血气”充足。要注重“+互联网”，确保“神经”灵敏。2、要摒弃“量变式”思维。要强化“产业链”竞争。要实现“品牌化”跃升。3、提升思想境界，做到“为官想为”。强化责任担当，做到“为官敢为”。锤炼扎实作风，做到“为官勤为”。 培养八种能力，做到“为官善为”。4、上下同欲，举好发展“指挥棒”；突出重点，做对管理“运算符”；融合优化，用足提升“工具箱”；精确谋划，出准制胜“杀手锏”。5、“用猛药”抓转型；“出重拳”补短板；“打硬仗”引大商。6、聚焦主业、突出主责，细耕“责任田”；坚定信仰、提升能力，牵住“牛鼻子”；总结经验、把握规律，把好“方向盘”，明确责任、奖优罚劣，激活“一池水”。7、始终坚持把接轨上海作为“战略重点”不动摇；始终坚持把招商引资作为“一号工程”不动摇；始终坚持把平台提升作为“关键支撑”不动摇；始终坚持把作风建设作为“根本保障”不动摇。8、虎口夺食抓项目，激活加快发展“动力源”；精准发力抓转型，种好创新发展“试验田”；持之以恒抓拆治，争当绿色发展“排头兵”。9、留心交往圈，做监督管理的“细心人”；盯紧生活圈，做监督管理的“铁面人”；把住工作圈，做监督管理的“监护人”。10、加强教育，树立“真抓实干”的队伍“风向标”；建章立制，筑牢“为官不为”的制度“防火墙”；多管齐下，打出“庸懒散拖”的监督“组合拳”；正风肃纪，严明“为官不为”的纪律“高压线”；完善机制，探索“为官有为”的改革“新思路”；加大曝光，发挥“为官不为”的治腐“震慑力”。11、坚持用学习“治心”，锻造政治上忠诚的乡镇铁军；坚持用制度“管行”，锻造干事上担当的乡镇铁军；坚持用问责“提神”，锻造作风上过硬的乡镇铁军。12、塞外荒坡苦创业，丰富连队“菜盘子”；古长城下添新景，建成官兵“小乐园”；深山沟里不寂寞，活跃连队“新生活”。13、紧盯“大事要事”打“攻坚战”；紧盯“急事难事”打“歼灭战”；紧盯“薄弱环节”打“持久战”。14、深学笃用系列重要讲话，“四个意识”明显增强；奋力冲出“经济洼地”，综合实力显著提升；全力总攻“绝对贫困”，人民福祉不断改善；全面深化改革开放，发展活力空前释放；深入推进绿色发展，生态环境持续优化；积极构筑“精神高地”，文化自信极大提振；着力净化政治生态，党的建设切实加强。15、聚焦主业、突出主责，细耕“责任田”；坚定信仰、提升能力，牵住“牛鼻子”；总结经验、把握规律，把好“方向盘”；明确责任、奖优罚劣，激活“一池水”。16、以学修身，为自身素养“补钙”；以干促进，为经济发展“鼓劲”；以变求新，为改革创新“助力”；以廉生威，为干部群众“立标”。17、在“统”字上下功夫，在“融”字上做文章，在“新”字上求突破，在“深”字上见实效。18、确立思想理论的“定盘星”，坚定理想信念的“主心骨”，筑就“四个自信”的“压舱石”。19、抓住思想政治建设这个“定盘星”，用好党内政治生活这个“净化器”，突出选人用人导向这个“指挥棒”，坚持补短板促提升这个“驱动力”，走好人才优先发展这个“先手棋”。20、乘“坚定信念”之风，除“动摇理想”之心；乘“为民务实”之风，除“为官不为”之私；乘“严规肃纪”之风，除“损规破矩”之举。21、用好用活“学”字诀，在夯实真学真懂这个基础上不动摇；用好用活“做”字诀，在抓住笃行求实这个关键上不懈怠；用好用活“改”字诀，在掌握即知即改这个方法上不打折；用好用活“领”字诀，在强化以上率下牵引上不落空；用好用活“常”字诀，在扭住支部建设这个重点上不放松；用好用活“促”字诀，在聚焦担当作为这个标杆上不停步；用好用活“担”字诀，在强化组织领导这个保障上不松劲。22、坚持理想信念的“高线”，遵守道德规范的“中线”，严守纪律规矩的“底线”，远离违法乱纪的“红线”。23、常打思想“免疫针”，筑牢制度“防火墙”，强化监督“紧箍咒”，用好法典“杀手锏”。24、牢固树立政治理想，筑牢“信念坚定”压舱之石；坚持正确政治方向，树牢“四个意识”政治高线；坚定站稳政治立场，筑牢“以民为本”宗旨意识。25、“固本培元”，加强思想政治建设；“激浊扬清”，让歪风邪气无所遁形；“立规明矩”，把纪律和规矩挺在前面；“以上率下”，领导带头立标杆、做示范； “继承创新”，赓续优良传统，不断改进创新。26、聚焦主业、突出主责，细耕“责任田”；坚定信仰、提升能力，牵住“牛鼻子”；总结经验、把握规律，把好“方向盘”；明确责任、奖优罚劣，激活“一池水”。27、抓住思想政治建设这个“定盘星”，用好党内政治生活这个“净化器”，突出选人用人导向这个“指挥棒”，坚持补短板促提升这个“驱动力”，走好人才优先发展这个“先手棋”。28、确立思想理论的“定盘星”，坚定理想信念的“主心骨”，筑就“四个自信”的“压舱石”。29、打好“组合拳”，下好“先手棋”，练好“基本功”。30、找准思想观念转变这个“突破点”，抓好职责分工明确这个“着力点”，夯实保障体系完善这个“支撑点”。31、以“明知山有虎、偏向虎山行”的勇气大刀阔斧、攻坚克难；以“困难于其易、为大于其细”的智慧运筹帷幄、总揽全局；以“咬定青山不放松”的决心严明责任、狠抓落实。32、坚持理想信念的“高线”，遵守道德规范的“中线”，严守纪律规矩的“底线”，远离违法乱纪的“红线”。33、当好“笔杆子”，成为“活档案”，承当“消防员”，做好“管理员”，铸成“多面手”，称为“好参谋”，参与“大活动”。34、“固本培元”，加强思想政治建设；“激浊扬清”，让歪风邪气无所遁形；“立规明矩”，把纪律和规矩挺在前面；“以上率下”，领导带头立标杆、做示范；“继承创新”，赓续优良传统，不断改进创新。35、以学修身，为自身素养“补钙”；以干促进，为经济发展“鼓劲”；以变求新，为改革创新“助力”；以廉生威，为干部群众“立标”。36、上下同欲，举好发展“指挥棒”；突出重点，做对管理“运算符”；融合优化，用足提升“工具箱”；精确谋划，出准制胜“杀手锏”。37、民主监督“晒”作风；攻坚克难“担”作风；从严从实“考”作风；闻风而动“改”作风；以点带面“促”作风。38、关注“衣食住行”，抓好“基本民生”；关爱“生老病死”，保障“底线民生”；关切“安居乐业”，强化“热点民生”。39、“点”上强龙头，从引资升级为选资；“线”上抓延伸，从行业升级为产业；“面”上求突破，从单个升级为集群。10、抓学习培训，在“活”字上下功夫；抓工作保障，在“实”字上下功夫；抓接访活动，在“深”字上下功夫；抓宣传引导，在“正”字上下功夫。41、“科学谋划＋压实责任”添干劲；“修好房子＋建致富路”强基础；“发展产业＋培训就业”促增收；“公共服务＋政策兜底”固保障。42、做好“老树新枝”的文章，加快提升传统产业；做好“插柳成荫”的文章，积极培育新兴产业；做好“育种蹲苗”的文章，大力推进创新创业。43、关注“衣食住行”，抓好“基本民生”；关爱“生老病死”，保障“底线民生”；关切“安居乐业”，强化“热点民生”。44、心贴心交流，解决“一层纸”问题；送服务上门，解决“一厘米”问题；急群众所急，解决“一分钟”问题。45、“点”上强龙头，从引资升级为选资；“线”上抓延伸，从行业升级为产业；“面”上求突破，从单个升级为集群。46、紧盯“大事要事”打“攻坚战”；紧盯“急事难事”打“歼灭战”；紧盯“薄弱环节”打“持久战”。47、探索推进养老保险“一体化”；探索推进医疗保险“同城化”；探索推进技能培训“订单化”；探索推进劳动关系“规范化”。48、克服“华而不实”学风，锤炼求真务实作风；克服“投机取巧”学风，锤炼真抓实干作风；克服“被动应付”学风，锤炼敢于担当作风。49、壮大产业“摘穷帽”；生态补偿“保家园”；易地搬迁“挪穷窝”；医疗救助“除病魔”；教育就业“绝穷思”；政策兜底“全保障”。50、要把高质量产业“竞争力”奋斗出来。要把高质量平台“强能级”奋斗出来。要把高质量企业“新面貌”奋斗出来。要把高质量项目“集聚地”奋斗出来。要把高质量改革“真实效”奋斗出来。要把高质量服务“好环境”奋斗出来。51、实施实体经济“大升级”行动，把高质量平台“强能级”奋斗出来。实施企业发展“大培育”行动，把高质量行业“竞争力”奋斗出来。实施招商引资“大突破”行动，把高质量经济“新动力”奋斗出来。实施重点项目“大攻坚”行动，把高质量项目“集聚地”奋斗出来。实施城市品质“大提升”行动，把高质量城镇“新品质”奋斗出来。实施美丽乡村“大振兴”行动，把高质量乡村“新面貌”奋斗出来。实施生态文明“大创建”行动，把高质量宜居“优环境”奋斗出来。实施社会民生“大改善”行动，把高质量群众“幸福感”奋斗出来。实施平安稳定“大护航”行动，把高质量百姓“安全感”奋斗出来。52、第一，这是经营承揽“井喷”之年。第二，这是交通建设“雄起”之年。第三，这是扶贫攻坚“高歌”之年。第四，这是生态环境“突围”之年。第五，这是品牌形象“放大”之年。第六，这是党群工作“给力”之年。53、这一年，是经济指标“临门一脚建奇功”的一年。这一年，是招商引资“攻坚克难做表率”的一年。这一年，是经济质量“日趋向好争面子”的一年。这一年，是品牌形象“深入人心赢口碑”的一年。这一年，是党群工作“扎实有为争先锋”的一年。54、一、打好重大项目“突破战”二、打好重点园区“阵地战”三、打好企业发展“升级战”。四、打好城乡建设“攻坚战”五、打好民生幸福“持久战”55、抓“产业提质”，壮大了综合实力。抓“项目提速”，厚植了发展潜力。抓“招商提效”，增强了造血能力。抓“平台提优”，迸发了创新活力。抓“管理提升”，彰显了实干合力。56、深化战斗精神培育一、以战为魂引领，把“今夜就战”的思想立起来。二、实践培塑催生，把“备战打仗”的斗志鼓起来。三、点滴养成磨砺，把“冲拼硬上”的血性强起来。四、强军文化涵养，把“亮剑决胜”的士气提起来。57、坚持问题导向 推动承诺践诺见深见效一、分层分类“查”，把查纠整改的靶子树起来。二、深挖深究“问”，把自觉整改的党性强起来。三、入情入理“讲”，把预期整改的标准立起来。四、全员全程“晒”，把具体整改的措施严起来。五、立言立行“做”，把履职整改的行动实起来。58、适应改革要求抓好干部队伍建设一、扭住“思想稳控”这个根本，为改革凝神聚气。二、聚焦“素质升级”这个关键，为改革蓄能攒劲。三、突出“选拔使用”这个导向，为改革助力增效。四、拧紧“管理监督”这个重点，为改革保驾护航。59、用“心”抓基层风气一、用“真心”感召官兵，把纯正风气的思想根植好。二、用“热心”服务官兵，把后顾之忧的问题解决好。三、用“公心”取信官兵，把风清气正的环境营造好。60、把握认知规律 灵活学习方法系统学习打牢理论大厦“根基”。区分层次搭建理论大厦“构架”。丰富形式搞好理论大厦“装修”。61、关于基层干部理论学习现状调查与思考一是自觉纠正零打碎敲，各自为政的组学模式，走“集中式”学习路子。二是创新运用先学先训、讨论交流的学习方法，走“研讨式”学习路子。三是充分利用报刊杂志、新闻网络等主流平台，走“开放式”学习路子。四是建立健全以考促学、奖惩挂钩的制度机制，走“激励式”学习路子。62、用好“学悟讲用”基本方法 推动理论武装更走心一、提高“学”的质量，在真学深学、全面系统上下功夫。二、抓住“悟”的精髓，在改造思想、提升思维上下功夫。三、浓厚“讲”的氛围，在通俗通达、生动阐释上下功夫。四、加大“用”的问效，在学以致用、知行合一上下功夫。63、演绎学习“五步法”，奏响理论“主旋律”一、系统规划“读”，占领思想阵地“制高点”。二、多维触角“听”，倾听时代主流“最强音”。三、把握特点“析”，奠定析事明理“主基调”。四、聚焦疑点“辩”，形成百家争鸣“新格局”。五、融入实践“研”，汇聚强队兴教“正能量”。64、宏观调控贵在“力、度、效”“有力”，指的是调控手段的坚决、“一竿子插到底”。“有度”，指的是调控落地的灵活性与因地制宜。“有效”，指的是调控目标的责任制。65、围绕“四精”提升新闻宣传质效一、精细统筹谋划，把好新闻宣传“航船舵”。二、精准聚焦发力，唱响中心工作“主打歌”。三、精要挖掘典型，立起部队建设“风向标”。四、精心培养骨干，打造薪火相传“生力军”。66、激励干部争当投身改革“排头兵”一、针对“坐等改革不作为”观望态度，创新教育树立鲜明导向。二、针对“干好干坏一个样”惯性思维，精准考评铲除慵懒土壤。三、针对“干事不如会来事”积弊陋习，坚强组织劲吹正气清风。67、开展“四心”带兵育人活动做法一、像父母真心爱护战士，切实构建温暖无私的“大家庭”。二、像老师精心培育战士，切实铺就全面成长的“快车道”。三、像兄长热心帮助战士，切实撑起遮风挡雨的“保护伞”。四、像法官公心对待战士，切实营造风清气正的“好氛围”。68、推动团建工作稳步提升一、夯实“根子”，确保举旗铸魂不迷航。二、建强“班子”，确保坚强有力站排头。三、搭好“台子”，确保勇立潮头显身手。四、盘活“棋子”，确保持续借力放光芒。69、抓建“四个军营”的几点做法一是把“战斗军营”作为核心要求。二是把“学习军营”作为力量支撑。三是把“法治军营”作为根本保证。四是把“和谐军营”作为重要基础。70、坚决打赢脱贫攻坚“歼灭战”一、定点立靶找准“穷苗子”，变“概略漫灌”为“精准滴灌”。二、定向切脉拔除“穷根子”，变“人工输血”为“自我造血”。三、定责问效摘掉“穷帽子”，变“短期治标”为“长效治本”。71、凝聚改革强军意志一、深学讲话厚“底子”，增进改革强军认同。二、深查广议解“扣子”，凝聚改革强军意志。三、深入践行立“样子”，激发改革强军动力。72、抓“产业提质”，壮大了综合实力。抓“项目提速”，厚植了发展潜力。抓“招商提效”，增强了造血能力。抓“平台提优”，迸发了创新活力。抓“管理提升”，彰显了实干合力。73、理念指引，矢志遵循“总基调”。领导重视，科学谋划“路线图”。模式创新，实践趟出“新路子”。立足基层，众智合议“金点子”。以人为本，夯实民生“压舱石”。试点先行，率先种好“试验田”。74、一要坚持问题导向，突出一个“实”字。二要坚持细致工作，突出一个“细”字。三要坚持精准对接，突出一个“准”字。四要坚持长效机制，突出一个“常”字。75、输好“理论液”，打好“动力针”。保障“人财物”，攻克“技术关”。擦亮“监督镜”，挥好“问责剑”。76、“上下”同步，以项目文化引领管理。“内外”兼修，以项目文化创新管理。“点面”结合，以项目文化提升管理。77、思想上充了“电”。精神上补了“钙”。工作上加了“油”。78、新闻报道突出“实”字。精神文明突出“新”字。舆论导向突出“广”字。理论研究突出“深”字。79、把信访群众当“家人”。把群众来信当“家书”。把信访之事当“家事”。把信访工作当“家业”。80、常打思想“免疫针”；筑牢制度“防火墙”；强化监督“紧箍咒”；用好法典“杀手锏”。81、生态造林“给力”，生态保护脱贫一批。特色产业“发力”，生态产业脱贫一批。退耕还林“用力”，生态补偿脱贫一批。82、为官要善为，“法”字当头做功课；为官要敢为，“干”字为要抓效率；为官要有为，“好”字为纲惠民生。83、敢担当、勇作为，坚决破除“等靠要”。强效能、优服务，坚决整治“庸懒散”。抓落实、重执行，坚决反对“做虚功”84、“严”字当头，作风建设是永恒课题。“学”字为先，勤奋学习是成事之基。“干”字为重，干事创业是人生追求。“廉”字为荣，清正为官是最高操守。“贤”字为尺，公道用人是重要职责。“实”字为要，取得实效是衡量标准。85、下好“绿色规划”指导棋，打造“绿色格局”。下好“绿色责任”先手棋，作出“绿色贡献”。下好“绿色转型”动力棋，提升“绿色实力”。下好“绿色生活”导向棋，增进“绿色福祉”。86、讲政治，把好对党忠诚这个“方向盘”。抓思想，铸就理想信念这个“压舱石”。转作风，守住中央八项规定精神这个“定盘星”。提能力，握好监督执纪问责这把“手术刀”。87、坚持创新驱动，打造生态文明建设的“强引擎”。坚定绿色发展，开出生态文明建设的“生态花”。坚守法治思维，筑牢生态文明建设的“压舱石”。88、环境是检测作风的“晴雨表”，是客商评价干部作风关键点。项目是检验作风的“试金石”，最能体现干部的执行力、落实力。民生是检阅作风的“定盘星”，干部能力和作风“几斤几两”，老百姓心中有杆秤。89、第一，这是经营承揽“井喷”之年。第二，这是交通建设“雄起”之年。第三，这是扶贫攻坚“高歌”之年。第四，这是生态环境“突围”之年。第五，这是品牌形象“放大”之年。第六，这是党群工作“给力”之年。90、这一年，是经济指标“临门一脚建奇功”的一年。这一年，是招商引资“攻坚克难做表率”的一年。这一年，是经济质量“日趋向好争面子”的一年。这一年，是品牌形象“深入人心赢口碑”的一年。这一年，是党群工作“扎实有为争先锋”的一年。91、一、打好重大项目“突破战”二、打好重点园区“阵地战”三、打好企业发展“升级战”。四、打好城乡建设“攻坚战”五、打好民生幸福“持久战”92、加快工业转型升级，推动经济“绿色发展”。推进生态乡村建设，提升社会“绿色福利”。加强生态环境保护，保持生态“绿色优势”。93、以“勤政”为先，密切干群关系。以“情感”为线，提高服务质量。以“创新”为首，转变工作方式。以“务实”为要，筑牢群众基础。以“制度”为纲，规范工作运行。94、活跃文化、提升素质“乐”民。强化保障、健全机制“助”民。优化环境、完善设施“惠”民。夯实基层、社会稳定“安”民。95、抓学习培训，在“活”字上下功夫。抓工作保障，在“实”字上下功夫。抓接访活动，在“深”字上下功夫。抓宣传引导，在“正”字上下功夫。96、用好“印把子”。管住“钱袋子”。坐正“官位子”。慎碰“酒杯子”。97、思想教育经常化，变“要我学”为“我要学”。专业设置合理化，变“随意挑”为“统筹选”。学习保障制度化，变“粗放型”为“集约型”。98、一是经济发展“步子稳”。二是项目建设“力度大”。三是新型城镇化建设“亮点多”。四是现代农业发展“面貌新”。五是民生事业“成效好”。六是各项改革“添活力”。99、严把初始提名关，秒杀“带病”干部；严把组织考察关，筛查“带病”干部；严把民主决策关，挡住“带病”干部；严把制度落实关，遏制“带病”干部。100、探索推进养老保险“一体化”。探索推进医疗保险“同城化”。探索推进技能培训“订单化”。探索推进劳动关系“规范化”。101、加快工业转型升级，推动经济“绿色发展”。推进生态乡村建设，提升社会“绿色福利”。加强生态环境保护，保持生态“绿色优势”。102、一是经济发展“步子稳”。二是项目建设“力度大”。三是新型城镇化建设“亮点多”。四是现代农业发展“面貌新”。五是民生事业“成效好”。六是各项改革“添活力”。103、 把握一个“高”字，以规划政策作引领。瞄准一个“新”字，以创新发展作动力。坚持一个“实”字，以实干落实作支撑。104、抓自身建设，当好“领头雁”抓思想教育，拧紧“总开关”抓约谈提醒，常打“预防针”抓纪律规矩，铺设“高压线”抓载体创新，凝聚“正能量”抓选人用人，明确“风向标”抓深度融合，实现“双促进”105、念好"压"字经，在压缩落后产能上下功夫。念好"转"字经，在提升传统产业上求突破。念好"创"字经，在推动自主创新上见实效。106、突出谋篇布局，上下联动增强“推动力”。突出学做结合，创新载体增强“渗透力”。突出督导检查，靠实责任增强“执行力”。突出动真碰硬，警示教育增强“内动力”。突出典型引领，示范带动增强“影响力”。107、在"谋实"上下功夫。在"肃纪"上动真格。在"固本"上花气力。在"清源"上做文章。108、以不破不立的"信心"加快产业升级，在升级上下功夫。以壮士断腕的"决心"加快创新发展，在创新上下功夫。以抓铁有痕的"恒心"加快完善体制，在制度上下功夫。109、做好“老树新枝”的文章，加快提升传统产业；做好“插柳成荫”的文章，积极培育新兴产业；做好“育种蹲苗”的文章，大力推进创新创业。110、组织骨干力量编“活”。运用多媒体演“活”。采用艺术形式唱“活”。111、用好党内监督“探照灯”。架好党纪国法“高压线”。打好纠治“四风”“持久战”。112、用好“印把子”。管住“钱袋子”。坐正“官位子”。慎碰“酒杯子”。113、信心坚定，当好“政策明白人”。发展经济，当好“致富带头人”。心系群众，当好“群众贴心人”。促进和谐，当好“稳定责任人”。114、打通最后一公里， 必须用“真心”。打通最后一公里， 必须有“恒心”。打通最后一公里， 必须靠“匠心”。115、用“比例尺”量成绩。在“坐标系”找定位。拿“放大镜”看风险。116、顶层设计发力，规划“一盘棋”。组织领导有力，部署“一张网”。政策支持给力，打造“软服务”。配套服务用力，政民“一心齐”。拆建结合助力，布局“谋长远”。117、以上率下“带”作风；教育培训“养”作风；制度约束“强”作风；纪律严明“护”作风。118、以“勤政”为先，密切干群关系。以“情感”为线，提高服务质量。以“创新”为首，转变工作方式。以“务实”为要，筑牢群众基础。以“制度”为纲，规范工作运行。119、“扭”住三个环节，扛好免建责任。“做”到四个建设，抓实学习教育。“抓”住一点一滴，夯实免建基础。“卡”好责任考核，筑牢廉政建设。120、坚持“主动瘦身”，瞄准问题症结放权，促进特色民宿业蓬勃发展。拒当“甩手掌柜”，加强事中事后监管，促进特色民宿业健康发展。补齐“服务短板”，优化配套服务供给，促进特色民宿业安全发展。121、创新行政方式，迈出基层便民服务“最先一公里”。创新发展思路，走好提供个性化服务“中间一公里”。创新服务理念，跑完优化公共服务“最后一公里”。122、突出"重点"，着力加强市民养成教育。突破"难点"，着力推行公交优先战略。找准"盲点"，着力完善道路基础设施。把握"特点"，着力抓好城区交通管理。123、宣传思想文化工作主要特色亮点一是强基固本，画出共同理想“同心圆”。二是崇德向善，筑牢社会文明“压舱石”。三是引领舆论，找准改革发展“公约数”。四是文化自信，彰显市北新城“精气神”。五是勤政廉洁，提升干部队伍“战斗力”124、（一）当好“领头羊”，始终坚持廉洁从政（二）管好“责任田”，始终坚持从严治政（三）念好“紧箍咒”，始终坚持依法执政（四）用好“快进键”，始终坚持高效施政125、一、创满意+民意导向，把群众呼声作为最准确的“风向标”二、创满意+健全机制，使制度建设成为最有力的“助推器”三、创满意+智慧XXX，用科技手段编织最严密的“防火网”126、一、上下同欲，举好发展“指挥棒”二、突出重点，做对管理“运算符”三、融合优化，用足提升“工具箱”四、精确谋划，出准制胜“杀手锏”五、谋今思远，建全支行“人才库”127、1、勤于做“加法”，重点是补短板。2、勇于做“减法”，重点是降不良。3、善于做“乘法”，重点是建制度。4、敢于做“除法”，重点是控成本。128、一、“全景式公开”晒出公信力高度重视，提起党务公开的“领子”健全机制，拉好党务公开的“链子”全面公开，掀开党务公开的“底子”发动群众，摆开党务公开的“场子”二、“全方位贯彻”亮出好形象全面学习，领会精神全心贯彻，整改提高全力监督，强化执行全情防腐，提升队伍129、督导检查组现场“健康筛查”。微信观察员进群“远程检测”。质量抽检员随机“抽样检查”。130、开好分类施策“药方”。照好先进典型“镜子”。搭建以学促做“平台”。131、驻村干部当养“四气”“正气”，就是有共产党员的本色。“帅气”，就是要注重形象。“底气”，要处事不惊、沉着冷静。“灵气”，要开动脑筋、灵活创新。132、大力提高基层党支部书记队伍素质能力一、创新选拔机制，解决好“选准”的问题。二、完善培训机制，解决好“提高”的问题。三、健全管理机制，解决好“稳定”的问题。四、强化激励机制，解决好“尽心”的问题。133、打造部队“四味”文化一、在因地制宜、便于组织中突出“野味”。二、在营造氛围、紧贴实际中催生“战味”。三、在丰富形式、与时俱进中增强“趣味”。四、在积极探索、推动发展中提升“品味”。134、弘扬雷锋精神 当好雷锋传人一、深入教育引导，让官兵“用心”学。二、聚焦使命任务，让官兵“融入”学。三、广泛开展活动，让官兵“多样”学。四、建立长效机制，让官兵“常态”学。135、推进系列讲话精神落地见效一、坚持在“系统化”领悟中把握精髓要义。二、坚持在“精准化”组学中增强落实效果。三、坚持在“通俗化”解读中抓好平台对接。四、坚持在“具体化”践行中促进深化转化。来源|基层干部参阅

在高通量测序的大力推动和快速发展下，微生物组学研究进入到了多组学的时代。为更好满足科研人员多组学联合分析需求，美格基因基于科研需求及以往项目经验，全新推出微生物组+代谢组联合分析解决方案，克服单一组学研究局限性，多角度解释科学问题！今天为大家分享一篇发表在mSystems上的研究，研究对定殖耐万古霉素屎肠球菌的微生物群与微生物组-代谢物相关联进行了探究，是一篇微生物组+代谢组多组学运用的佳作！Microbe-Metabolite Associations Linked to the Rebounding Murine Gut Microbiome Postcolonization with Vancomycin-Resistant Enterococcus faecium定殖耐万古霉素屎肠球菌的微生物群与微生物组-代谢物相关联作者：Andre Mu 等期刊：mSystems时间：2020IF：6.519DOI：10.1128/mSystems.00452-20方法：16S+代谢组一、文章摘要具备万古霉素抗性的屎肠球菌（Enterococcus faecium，VREfm）是近年来出现的一种病原菌，人们开始研究VREfm定殖人类肠道的分子机制，但对该过程中肠道共生细菌的作用仍然不甚理解。在此，作者通过16S扩增子和代谢组研究小鼠肠道微生物对VREfm定殖的作用。经头孢曲松和VREfm处理，小鼠肠道微生物的转变发生在拟杆菌门和柔膜菌门间。研究细菌和代谢物共现性时找到了VREfm定殖初期及后期的与丁酸相关的典型代谢物，这些与拟杆菌有关的代谢物能指示微生物群落向原始状态过渡的状态。本研究说明了抗生素对肠道生态系统的影响，以及定殖VREfm后肠道微生物组的转变。未来或可优先选择用拟杆菌来改调节代谢组，已作为消除VREfm的非抗生素疗法。二、实验设计实验样品来自六周龄雄性小鼠（naive phase）。将头孢曲松添加到饮水中喂养小鼠2d（antibiotic treatment），停用1d后（antibiotic weaning）将屎肠球菌ST796移植到小鼠中（early VRE colonization and late VREfm colonization phases）。提取小鼠粪便DNA进行16S rRNA测序，同时进行粪便代谢物的液相色谱分析，构建微生物与代谢组之间的网络关系。三、实验结果1.扩增子测序结果表明微生物结构发生了变化表1 样品总结N：原始样品；Abx-Tx：抗生素处理期；Abx-Wn：抗生素适应期；VRE-E：VREfm定殖早期；VRE-L：VREfm定殖后期经不同处理，各样品的OTU丰度有所差异（图1）。经过头孢曲松喂养，小鼠肠道的优势物种从拟杆菌纲变成了柔膜菌纲，而在VREfm定殖后期又恢复成了拟杆菌纲。图1 纲水平上OTU的生物多样性2. 小鼠肠道微生物响应抗生素，在VRE定殖3d后丰度上升从PCoA图可以看到，不同处理的样本明显分开了，而头孢曲松处理和VREfm定殖后期的样本有聚类到一起的趋势（图2）。在群落组成方面，对照组中微生物的群落结构稳定，多样性高。经头孢曲松处理后群落多样性和稳定性急剧下降，而VREfm的定殖又进一步增强了这种效果，3d后微生物群落丰度开始恢复。这些结果说明小鼠肠道是个稳定的微生物保存库，被干扰后群落丰度也能够恢复到最初的状态。图2 多样性分析3.多重回归寻找与VREfm定殖相关的sOTUs利用多重回归寻找与VREfm定殖最相关的OTU，5个正相关的OTU分别来自肠球菌属（Enterococcus）、拟杆菌属（Bacteroides）、丹毒丝菌科（Erysipelotrichaceae）、过氧化氢酶杆属（Catabacter）、毛螺菌科（Lachnospiraceae），而负相关的是梭菌目（Clostridiales）、安德克氏菌属（Adlercreutzia）、柔膜菌纲（Mollicutes）、消化链球菌科（Peptostreptococcaceae）和梭菌目（Clostridiales）。VREfm定殖的第一天，肠球菌属丰度最高，说明肠球菌也许能阻碍VREfm定殖（图3）。图3 多重回归检测到一种肠球菌与VREfm定殖相关性最强4.分子网络鉴定代谢组的差别用MS-LC检测不同时间段小鼠肠道代谢物的变化（表1）。PCoA分析结果显示各样品间代谢组不同（图4）。在实验初始阶段和VREfm定殖后期的代谢组聚类到了一起，抗生素处理后和VREfm定殖前期的聚类到了一起。这说明两个时期的样本情况更相似。使用自由森林分析预测代谢物与实验组之间的相关性。结果表明每个实验阶段都有独特的代谢特征。重要的是，VREfm定殖后期样本中找到一种含有n -乙酰化羟基的未知代谢物（feature 6325），该物质仅在群落向初始状态转变时出现。另外，在用抗生素处理期间头孢曲松（feature 3901）的丰度最高。图4代谢组学分析5.拟杆菌相关代谢物与VREfm定殖后期相关不同实验阶段微生物和代谢物的丰度差别都较大，尤其是VREfm定殖后期。分析微生物-代谢物互作时发现，VREfm定殖后期肠球菌起到非常重要的作用，恢复的细菌中拟杆菌的OTU占了绝对丰度，该阶段检测到的2个代谢物为m/z 173.067 RT 18.392和m/z 167.083 RT 25.277。而m/z 245.055 RT 7.945与VREfm定殖后期高度相关。整体数据说明是肠道微生物引起了代谢物的改变。图5 微生物-代谢物双标矢量图四、小结屎肠球菌（VREfm）有潜在的对抗多种抗生素的能力，它们对人类健康的威胁日渐增强。有研究表明肠道微生物能够调整VREfm生长，抑制VREfm的毒力。本研究探索了抗生素处理和VREfm定殖条件下肠道微生物和代谢物的变化情况，找到了与VREfm相关的微生物和代谢物分别为肠球菌和feature 6325。这为进一步的研究提供了参考，未来，也许可以通过利用肠道微生物产生的益生元来治疗多抗生素抗性病原菌的感染。五、点 评16S rRNA测序虽然可以方便地研究肠道微生物群的组成，但由于目前对于细菌基因库认知的不完全性，限制了对有关代谢物影响的理解。为了更好的理解小鼠肠道微生物对VREfm定殖的作用，作者有效地结合微生物组和代谢组进行多组学联合分析，构建了微生物与代谢组之间的网络关系，并找到了VREfm定殖初期及后期与丁酸相关的典型代谢物，填补了肠道微生物功能研究数据上的空白。您可能还喜欢：研究思路｜三代宏基因组应用案例解读（第3期）产品升级｜美格基因重磅推出微生物组+代谢组联合分析解决方案美格基因2020年上半年项目文章大盘点！

高通量测序技术的飞速发展，使得基因数据量直线飙升，随之而来的就是对基因功能研究的新挑战。做完测序我们得到感兴趣的基因或ncRNA，并对它们的功能、作用机制做生信方面的分析后，如果我们要深入研究下去，就需要依靠分子实验手段做筛选到的感兴趣基因或ncRNA的功能及作用机制方面的研究。基因或ncRNA研究组成模块本质上是差不多的，都是由生物学问题、分子（基因或ncRNA）、功能和机制、通路组成，而每个层面又有针对于不同情况的具体的实验技术，而文章的千变万化就在于这些模块之间、这些技术之间的不同组合。01表达量检测、定位、全长鉴定：缩小范围，找到重点 对于很多研究，第一步一般都会去验证从测序结果中筛选到的基因或ncRNA，主要验证要研究的基因或ncRNA的表达量（RT-qPCR、northern、WB）、表达在组织或亚细胞间的特异性（RT-qPCR、northern、FISH、GFP融合蛋白、核质分离）、序列的准确性及是否有新的可变剪切（5’/3’RACE）等。这一步可以缩小研究的范围，有时候也会发现新的兴趣点，比如这篇Journal of Experimental Botany的文章中，作者发现了slctr4基因的一个新的可变剪切命名为slctr4vs3，并且在slctr4的3个可变剪切中只有slctr4sv3与sly-mir-1917呈负相关（负相关是miRNA调控靶基因最常见的方式，说明这个miRNA很可能调控这个基因），在后期的Y2H实验和BiFC实验中发现slctr4sv3与SlEIN2互作，这样就打通了miRNA-1917-slctr4-SlEIN2这样一条通路。02基因功能研究 做完这部分基础的验证后，就需要验证基因或ncRNA的功能，功能的验证主要分两类：获得性研究和缺失性研究，获得性研究即通过VIGS或遗传转化/转基因让目的基因过表达，缺失性研究即用RNAi、CRISPR/Cas9等技术让目的基因沉默或突变为无功能基因。通过这部分研究可以验证目的基因的功能。比如这篇发表在Developmental Cell的章中对lncRNA COLDWRAP的RNAi敲除品系表现出减少的春化反应，将COLDWRAP转入COLDWRAP突变体后，COLDWRAP表达恢复了春化反应。03作用机制研究：文章容易出彩的地方目的基因或ncRNA研究完，进一步就需要探讨目的基因是如何发挥作用的，比如上述lncRNA COLDWRAP，是通过什么方式对春化作用产生影响的呢？这就需要研究COLDWRAP的作用机制，很多高分文章都是这部分的研究非常精彩！比如，下面这篇发表在Plant Cell上的文章，作用机制部分研究就比较精彩。作者先在体外，用酵母双杂交鉴定FRI蛋白互作的蛋白，发现FRI的N端区域与其与LRB1和LRB2的相互作用是重要的，FRI的C端区域和CUL3A的N端区域是它们相互作用所必需的。之后用GST pull-down验证酵母双杂交结果。之后在体内，用BiFC在体内验证定位、酵母双杂交、GST pull-down结果，用co-IP分析瞬时表达FRI和CUL3A再次验证相互作用。最后通过体外降解试验发现FRI通过泛素-26蛋白酶体途径降解，表明CUL3A和LRB1 / 2是FRI降解所必需的，FRI降解是CUL3A，LRB1 / 2和蛋白酶体依赖性过程介导。最终得出蛋白酶体介导的FRI降解调节拟南芥春化过程中开花的结论。04 把生物学故事串起来好的研究最终能依靠转录因子、信号通路等把研究结果串起来，系统地解释一个生物学问题。比如上面谈到的Plant Cell的文章，作者发现转录因子WRKY34的转录迅速被冷应激诱导，之后构建pCUL3A-LUC载体和W-box区域突变pCUL3A-LUC载体，与WRKY34共注射入烟草和拟南芥叶原生质体，来验证WRKY34以预测的W-box与CUL3A启动子结合以增加其CUL3A转录，而CUL3A又介导FRI降解调节拟南芥春化过程中的开花，从而把生物学故事由冷诱导—WRKY34转录—CUL3A转录—FRI降解—拟南芥春化过程中的开花这样一条线串起来。参考文献Wang Y, Zou W, Xiao Y, et al. MicroRNA1917 targets CTR4 splice variants to regulate ethylene responses in tomato.[J]. Journal of Experimental Botany, 2018.Kim D H, Sung S. Vernalization-Triggered Intragenic Chromatin Loop Formation by Long Noncoding RNAs[J]. Developmental Cell, 2017, 40(3).Hu X, Kong X, Wang C, et al. Proteasome-mediated degradation of FRIGIDA molates flowering time in Arabidopsis ring vernalization[J]. Plant Cell, 2014, 26(12):4763-81.

在课题申报中，一线老师会遇到一些困难，其中技术路线的撰写就是其中一个难点。那么，什么是技术路线？技术路线在课题申报中有什么作用？技术路线的呈现方式是怎样的？画技术路线的策略是什么？笔者就这几个问题，和一线教师交流交流。供批判。一、什么是技术路线所谓的技术路线是以研究假设为核心将研究内容、研究方法、研究步骤有机组合的逻辑结构。这个概念中，有两个至关重要的概念，一个是“以研究假设为核心”，二是“逻辑结构”。（一）第一个关键概念 “以研究假设为核心”“研究假设”也是课题申报书中需要撰写的一个内容，“研究假设”要解决的问题是：预期成果的达成是有若干路径的，这些路径是我基于教育理论和科学方法框架下构想出来的，如果能够有计划、有步骤地进行实施，就可以达成预期成果。“以研究假设为核心”这个概念。其中“核心”这个概念可以明确表达出：技术路线的主要框架就是研究假设的框架。“研究假设”写好了，则技术路线的基本思想和内容就定调了。（二）第二个关键概念“逻辑结构”什么“逻辑”？“逻辑”是思维的规律和规则，也就是说：你是如何建构事物之间的关系的。“结构”就是框架，框架是可视化的。逻辑结构，就是把思维的规律和规则以可视化框架的方式呈现出来。此时，我们再看“技术路线”这个概念就会清晰一些。其核心要义便是在研究假设的基础上，把理论支撑、研究内容、研究方法、研究步骤、研究成果之间的逻辑关系清晰的呈现出来。二、为什么要撰写“技术路线”“技术路线”是课题研究进程中，体现诸多要素之间逻辑关系的闭环结构。要体现三个方面的价值。第一，技术路线能够体现出课题研究的思路。其二，技术路线能够体现出研究方法、路径的使用问题。其三，技术路线把研究过程中诸多研究要素的逻辑关系呈现出来。科学、清晰的技术路线，可以让参与研究者知道：这个课题是从哪里来，要到哪里去，如何去等问题。反之，技术路线不清晰的话，就会出现：我们刚一出发，就迷路了；或是发出久了，忘记了为何而出发；还可以这样比喻：我们上战场，不知敌人在哪，也没有带武器，回来时还忘了归家的路。三、如何呈现技术路线一般情况下，技术路线要以图的方式呈现出来，称其为技术路线图。我们把研究过程中的诸多要素，放在一张图中，呈现它们之间的逻辑关系。举两个例子。（一）第一个例子。见下图：这是一线教师画的技术路线图。我们解释一下：最上端是课题名称：基于创客教育的中学物理课堂教学设计研究。下面是技术路线图的主体部分：1.主体部分的中间是课题研究的内容，确定了四个研究内容，分别是创客教育融入中学物理课堂的内容研究、方法研究、实践研究、评价研究。并且，我们可以看出，四块研究内容从上到下的排序是有先后的，这体现了研究的思路。2.主体部分的左边是课题研究的方法，研究方法与研究内容是对应的。一项研究内容可以使用一种方法，也可以使用多种方法。特别要注意的是：研究方法不是随意使用的，要做到适切，也就是你所使用的方法确实可以解决研究内容中的核心问题。3.主体部分的右边是课题研究的预期成果。这些研究成果与研究内容也是对应的。哪项研究内容可以形成哪些研究成果，基本是清晰的。应该说，上边这个课题的技术路线图是很好的。它体现了课题研究过程中，诸多研究要素之间的逻辑关系，将研究内容、基本步骤、研究方法、预期成果之间的逻辑关系结构化，让人一目了然。（二）第二个例子，见下图这个技术图线图与第一个技术路线图在形式上是有区别的。图分成三部分。我们看：1.最左边是课题的名称：基于小学音乐课融入舞蹈元素提高学生对音乐韵律美的感受力的研究。2.最右边是研究内容，共分为8项研究内容。不再一一罗列。3.中间是研究方法，呈现了四种研究方法，从方法的箭头指向可以看出，研究方法与研究内容的关联。如果细看的话，研究方法与研究内容是非常匹配的。当然，这个技术路线图缺了一块内容，即成果。没有研究成果的技术路线图是不完整的。因为看不出你的目标是什么？应该在后边补上，让每一项研究内容都指向一个研究成果。用这样的话来讲：凡事有交代，件件有落实，事事有成果。所谓的件件和事事就是研究内容。四、如何画好技术路线图技术路线图看起来让人非常清晰，可观课题研究的全貌，但是画好技术路线可不是件容易的事。那么怎么画好技术路线图呢？笔者提供一些思路（一）课题研究思路要烂熟于心我为什么要研究这个课题？这个课题的研究内容是什么？我所要的成果是什么？我的成果能够解决课题的核心问题吗？我的成果形成的方法是什么？我先研究什么？再研究什么？最后研究什么？这些问题要搞清楚，能够烂熟于心，尤其是能够跳出来看自己的课题。（二）召开课题组成员风暴会技术路线图的建构要集大家的智慧，课题组成员要开会，分组或一起拿出大白纸，分头画技术路线图。每个人都画；然后再集中，去粗取精、去伪存真，形成定稿。头脑风暴法是比较好的，可以调动课题组成员的智慧，而且课题组成员是研究者，对一些具体问题最有发言权和实践体会。（三）聘请专家进行指导专家的优势在于理论与经验，专家在于理论上、逻辑上的指导，可以使技术路线更加科学。当然不必为这一件事，可以在开题论证时一起解决。以上是笔者就课题研究中“技术路线”的分析。敬请批评指正 。（永庆）（图片来源于网络，如有侵权，请联系，将立即删除）

今天继续给大家分享一篇高通量qPCR芯片检测服务的应用文章，研究通过砷功能基因高通量qPCR芯片对16个ABGs进行定性定量分析，发现蚯蚓肠道是砷生物转化的集中地。原文于2019年3月在Environmental Science & Technology上在线发表。Effects of Arsenic on Gut Microbiota and Its Biotransformation Genes in Earthworm Metaphire sieboldi砷对蚯蚓肠道菌群及转化基因的影响作者：Hong-Tao Wang 等期刊：Environmental Science & Technology时间：2019.3.15影响因子：7.149文章摘要砷广泛分布在土壤中，可以通过植物和动物的食物网在土壤中进行生物累计，积累量过高会在土壤中产生毒性，对人类健康产生危害，而蚯蚓可通过改变土壤pH值、有机碳或微生物群落来影响土壤中砷的种类和分布。之前的研究报道都是集中在砷对蚯蚓的毒性和蚯蚓肠道的砷的形态，对砷在蚯蚓肠道的转化机制研究甚少。本文通过在添加不同浓度砷的土壤中培养蚯蚓后，对其砷形态、砷生物转化基因（ABGs）和肠道微生物群落进行了研究。通过砷功能基因高通量qPCR芯片对16个ABGs进行定性定量分析，发现在所有样本中砷氧化还原和外排基因的丰度远高于砷甲基化相关基因，说明蚯蚓肠道是砷生物转化的集中地。此外，蚯蚓肠道微生物以放线菌和变形杆菌为主导，与周围的土壤微生物群落组成有较大差异。主要内容1.土壤和蚯蚓肠道中砷的形态和ABGs的丰度在土壤和蚯蚓肠道内容物均可检测到无机砷（III）和砷（V），其中在土壤中砷（V）是主要形式而在蚯蚓肠道中砷（III）是主要形式。根据ABGs的功能可分为砷（III）氧化、砷（V）还原、砷甲基化和砷转运四大类别，砷功能基因高通量qPCR芯片在土壤和蚯蚓肠道样本中共检测到了16种ABGs（图1.A）。其中在土壤中检测到的ABGs种类高于蚯蚓肠道，aoxR、aoxS和arsI仅在土壤中发现，在肠道和土壤中很少检测到arsI和arsM。总的来说，肠道和土壤中主要的ABG参与砷（V）的还原和砷的转运（图1.B）。图1.砷功能基因高通量qCPR芯片的检测分析结果。A：土壤和蚯蚓肠道中ABGs的丰度柱状图；B：ABGs标准化丰度热图。2.蚯蚓肠道和周围土壤的微生物群落组成差异基于16S rRNA的V4V5区段的多样性分析发现，蚯蚓肠道和土壤共有的微生物OTU有28381个，厚壁菌门是蚯蚓肠道特有的而拟杆菌门是土壤中特有的，放线菌门和拟杆菌门在蚯蚓肠道和土壤中都有检测但其相对丰度在统计上有显著差异（P<0.05）。芽孢杆菌科（17.3%）、分支杆菌科（15.5%）和链霉菌科（15.4%）是蚯蚓肠道中丰度最高的三个科，而它们在土壤中的丰度比例只有3.1%、7.8%和3.2%，鞘脂杆菌科（12.7%）和黄单胞菌科（7.9%）是在土壤中丰度最高的科（图2.左）。以上说明土壤和蚯蚓肠道微生物群落优势菌属不同，组成差异明显。Alpha多样性分析的Chao1指数表明，土壤微生物群落的多样性显著高于蚯蚓肠道，PD和香农指数进一步证明此结论。PCoA分析显示土壤和蚯蚓肠道之间的微生物群落差异大于不同浓度砷处理组之间的差异（图2.右）。图2.微生物多样性分析结果。左：土壤和蚯蚓肠道中主要科的丰度柱状图；右：PCoA分析。3.砷对蚯蚓肠道微生物群落的影响在本实验中，不同砷浓度处理的蚯蚓肠道内容样本中共有的OTU仅有2202个，占肠道样本总OTU的4.4%。在门水平上，拟杆菌门的丰度随着蚯蚓肠道中的砷浓度增加而显著增加，与对照组（GC）相比，G280中的酸杆菌门和芽单胞菌门的丰度均显著增加。在科水平，G280中的黄杆菌科、噬纤维菌科和鞘脂杆菌科的丰度均显著高于其他砷浓度处理的蚯蚓肠道样本，但链霉菌科的丰度却随着砷浓度的增加而显著下降（图3）。PD指数表明，随着土壤中砷浓度的增加，蚯蚓肠道微生物多样性先降低后增加，Chao1和香农指数展示相同的趋势。图3.科水平的肠道微生物丰度柱状图。总 结综上所述，在砷环境中生存的蚯蚓肠道微生物基因主要参与砷外排，其中砷还原是砷代谢途径的关键过程，此外，蚯蚓肠道微生物群落和周围土壤的显著差异可能是由于蚯蚓肠道受到砷刺激后作出的反应。以上发现为砷的生物转化、ABGs和蚯蚓肠道微生物群落之间关系建立提供了新角度从这篇文章可以发现，利用高通量qPCR芯片检测高精确度、高灵敏度的特点可以快速便捷的检测到所有样本中砷氧化还原和外排基因的丰度远高于砷甲基化相关基因，说明蚯蚓肠道是砷生物转化的集中地，这些结论加深了对砷在蚯蚓肠道的转化机制的认识。欢迎关注美格基因公众号，美格基因会持续推送高通量qPCR芯片检测案例解读推文，为大家带来高通量qPCR芯片检测案例文章的发文思路。研究思路｜微生物组+代谢组多组学应用案例解读（第3期）研究思路｜微生物组+代谢组多组学应用案例解读（第二期）研究思路｜微生物组+代谢组多组学应用案例解读（第一期）

随着新一代高通量测序技术的发展，三代宏基因组测序运用越来越广泛。美格基因现已推出“三+二”测序服务，三代测序可有效减少部分拼接错误，提高基因组组装准确性和微生物群落鉴定的分辨率。以下为大家分享几篇三代宏基因组应用在肠道样本中的文献。案例1作者：Denis Bertrand 等期刊：Nature Biotechnology时间：2019.07影响因子：31.864来自新加坡基因组所的Niranjan Nagarajan课题组发布了一款三代+二代测序混合组装软件OPERA-MS，组装结果不仅碱基准确率高，而且短读长数据拼接长度提升了一个数量级。OPERA-MS整合了宏基因组聚类和精确支架算法，基于虚拟肠道微生物组和人工群落数据测序，研究者仅用9×长读长覆盖深度组装出了接近目前最完整的宏基因组，也组装出低丰度（＜1%）物种的高质量基因组。值得一提的是，OPERA-MS还可在亚种水平上获得基因组结果。将Nanopore测序应用于抗生素治疗病人的肠道宏基因组研究，发现长读长组装质量较短读长提升了200倍。案例2作者：Derek M. Bickhart 等期刊：Genome Biology时间：2019.08影响因子：14.028该文章利用三代测序技术结合 Hi-C 技术手段，完成牛瘤胃微生物的高质量组装，实现病毒-宿主-抗性基因（ARGs）的关联分析，直接检测微生物组样本中潜在的基因水平转移（LGT）。将 Hi-C 技术应用到微生物领域，到现在越来越多的研究中采用这种新的微生物组研究方法，获取全面写实的微生物组信息。从单菌基因组组装，到环境样本中微生物的互作，基因交流研究——Hi-C 技术应用于宏组学研究突破了传统宏组学技术达不到的研究界限。案例3作者：Robert D. Stewart 等期刊：Nature Biotechnology时间：2019.08影响因子：31.864反刍动物瘤胃微生物的基因组编码了数千种酶，这些酶可消化反刍动物饮食中占主导地位的植物物质。文章对来自283头反刍动物瘤胃测得 6.5T 二代测序数据，组装了4941个瘤胃微生物宏基因组(MAGs)，提出了一种组装流程，使细菌和古菌基因组的组装至少完成了80%，从三代数据（Nanopore，11.4G）获得了三个瘤胃细菌的单拷贝全基因组，其中两个是以前未知的瘤胃物种，预测并注释了大量瘤胃蛋白，文中瘤胃 MAGs 组将瘤胃宏基因组测序的测序率从15%提高到50-70%，这些基因组和蛋白资源将有助于更好地了解瘤胃微生物群的结构和功能。案例4作者：Themoula Charalampous 等期刊：Nature Biotechnology时间：2019.07影响因子：31.864本文作者基于Nanopore高通量测序技术搭建的LRIs快速检测流程，通过优化去除宿主DNA、DNA提取和建库流程等步骤，区别常规培养检测的2-3天，把整个流程时间缩短到6h，这对临床快检意义重大，不仅可以快速检测病原菌而且可以指导抗生素的准确使用。整个方法在41例样本的最终检测中达到了96.6%的敏感性和100%的特异性，期待在未来得到更加广泛的临床运用。点 评从宏基因组到单菌基因组，在我们关注菌株功能的时候，高质量的连续的基因组尤为关键。在上述的不同研究中，用三代测序技术的长读长优势显著提升了宏基因组/单菌基因组组装的效果，尤其是从宏基因组中得到的MAGs，使后续的分析结果更加可靠。美格基因现已引入Nanopore平台助力宏基因组三代测序，新增“三+二”宏基因组测序策略，读长更长、组装更佳，更全面获取微生物物种的全基因组序列！您可能还喜欢：研究思路｜三代宏基因组应用案例解读（第二期）产品升级｜美格基因重磅推出微生物组+代谢组联合分析解决方案