国家蛋白质组研究中心

记者29日从军事科学院军事医学研究院获悉，蛋白质组学国家重点实验室被中国合格评定国家认可委员会授予“科研实验室认可证书”，标志着该实验室成为全军第一家、全国第三家通过国家标准化体系认证的科研实验室。此次获得“科研实验室认可证书”，意味着该实验室具备了进行规定类型检测和校准服务的技术能力，科研成果能够获得签署互认协议方国家和地区认可机构的承认。为全速发动军事科研创新引擎，军事医学研究院党委机关对照国家认可委制定的科研实验室国家标准《科研实验室良好规范》，加强全院科研实验室规范化建设，并以蛋白质组学国家重点实验室作为先行试点。该实验室结合实际制定《科研实验室认可准则》，将实验室建设标准归纳为“人、机、料、法、环、档”6个方面，提出人员进出规范、检定校准常态、材料标识明确、实验方法科学、环境参数达标、档案采集及时等20项建设标准，形成了完整的实验室管理闭合环路。据悉，得益于规范化运行实践，该实验室取得显著成绩——领衔实施“中国人蛋白质组计划”，首先开展蛋白质组学胃癌、肝癌、肺癌分子分型研究，首先提倡蛋白质组学驱动的精准医学（PDPM）研究范式，在国家科技部2个五年评估中蝉联优秀。

责编丨兮截至4月28日，新型冠状病毒SARS-CoV-2已经蔓延到全球超过200个国家或地区，累计国外报告确诊病例超过300万，累计死亡超过20万人例。尤其是新冠病毒感染携带者和早期新冠肺炎患者，他（她）们的症状轻、隐匿性强，无法全部得到及时有效的检测，给世界各国的疫情防控带来的巨大的挑战！新冠病毒编码20余种蛋白，在感染人体后会迅速被人体免疫系统识别，产生大量的抗体。如何在蛋白质组水平全面揭示新冠肺炎早期患者血清中的病毒抗体表达水平和变化规律，鉴定用于新冠肺炎早期检测抗体标志物分子，进而开发出快速诊断试剂对于今后开展新冠病毒感染者的及时检测和治疗具有非常重要的价值。2020年3月28日，国家蛋白质科学中心-北京（凤凰中心）于晓波研究员/北京协和医院李永哲教授在预印版平台bioRxiv上发表文章SARS-CoV-2 proteome microarray for mapping COVID-19 antibody interactions at amino acid resolution【1】（于晓波/李永哲合作团队研发出可实现氨基酸水平血清抗体全景式扫描的SARS-COV-2蛋白质组芯片），设计和开发出了SARS-CoV-2病毒全蛋白质组多肽芯片。该芯片包含966个多肽和纯化的N、S和E蛋白探针，只需要1.5个小时就可实现对新冠病人血清血浆中结合到SARS-CoV-2病毒蛋白氨基酸序列的抗体进行全景式的扫描。该芯片可广泛用于新冠病毒抗体的大规模检测，免疫反应动态监测，抗体试剂和药物的表位分析，发现诊断标志物抗体和治疗性抗体等。2020年4月20日，该团队在预印版平台medRxiv上再次发表文章Proteome-wide analysis of differentially-expressed SARS-CoV-2 antibodies in early COVID-19 infection【2】，全面系统地检测和分析了早期新冠肺炎患者和疑似患者血清中新冠病毒抗体的表达和分布规律（图1）。图1. SARS-CoV-2全蛋白质组学芯片全面分析早期新冠肺炎患者血清抗体流程的示意图。首先，他们采用SARS-CoV-2全蛋白质组芯片筛选了40例早期轻症新冠肺炎患者、流感和非流感疑似患者的血清，分析和鉴定了针对早期新冠肺炎特异性表达的IgM和IgG病毒抗体（图2）。图2. SARS-COV-2蛋白质组芯片检测早期新冠和疑似患者的差异表达抗体。（a）和（b）分别为早期新冠和疑似患者的差异表达IgM和IgG抗体结果发现：1）针对新冠肺炎产生的特异性IgM抗体主要为S蛋白。而IgG抗体可以是N蛋白、S蛋白和Orf1ab蛋白；2）初诊新冠患者对于不同新冠病毒抗原具有很大的偏向性。其中N抗原免疫原性很强，检测的灵敏较低。而S抗原对于早期新冠肺炎的检测特异性和灵敏度更好，但是对于IgM和IgG抗体具有偏向性。其中IgM抗体最好的标志物为S1+S2ECD或者S1-RBD蛋白，IgG抗体最好的抗体标志物可以是S2ECD和S1+S2ECD蛋白（图3）。图3. 新冠病毒N和S蛋白在早期新冠肺炎患者和临床疑似患者血清中的表达水平分析。（a）和（b）分别为N和S蛋白的人IgM和IgG血清抗体的差异表达。*，**，***分别为p值0.05,0.01和0.001.通过进一步结构解析发现IgM的S2ECD的抗体表位主要分布在蛋白的外侧表面，而IgG的S蛋白两个抗体表位分别分布在蛋白表面和内部。而N蛋白的IgG抗体表位以带状分布在表面，很好地形成了抗体的结合位点（图4）。图4. 结构分析N蛋白和S蛋白的抗体表位分布。（a）和（b）分别为IgM和IgG新冠病毒抗体表位在N和S蛋白结构上的位置。黄色为抗体表位，红色箭头指示抗体表位在蛋白结构上的位置。结合SARS-CoV-2全蛋白质组芯片发现的蛋白和多肽标志物分子（图2），可以通过检测IgM和IgG抗体标志物区分87%和73%的早期新冠肺炎和疑似患者，大大高于目前已有的抗体检测试剂的性能（7%-53%）（图5）。以上结果表明SARS-CoV-2全蛋白质组芯片鉴定的标志物分子可以用于开发出快速血清学检测试剂，进而开展新冠病毒无症状携带者和早期新冠肺炎患者的筛查。图5. SARS-CoV-2蛋白质组芯片鉴定的标志物与不同厂家抗体检测试剂的阳性率比较。Microarray: 蛋白质芯片；Chemoluminescence：化学发光法；ELISA: 酶联免疫法；Immunocolloidal Gold Strip: 胶体金试纸条法。#1-#7 为不同厂家。最后，他们对新冠肺炎抗体标志物和临床数据进行了关联性分析。结果发现新冠肺炎抗体标志物的表达水平与病毒感染的临床指标显著性相关。另外，新冠肺炎抗体标志物表还还与心肌损伤的临床指标（NT-proBNP和CKMB-mass）密切相关（图6）。以上结果不仅为开发用于早期新冠肺炎检测的高灵敏度血清学试剂指明了方向，而且对于理解新冠病毒抗体的功能和开展临床治疗具有重要的参考价值。图6. 新冠肺炎患者特异性病毒抗体与临床指标的关联性分析。（a）和（b）分别为新冠肺炎患者特异性IgM和IgG病毒抗体与临床指标的关联性结果。（c）和（d）新冠患者特异性IgM和IgG病毒特异性抗体与急性心肌损伤指标（NT-proBNP和CKMB-mass）具有显著相关性。参考文献1. Hongye Wang, Xin Hou, Xian Wu, Te Liang, Xiaomei Zhang, Dan Wang, Fei Teng, Jiayu Dai, Hu Duan, Shubin Guo, Yongzhe Li, Xiaobo Yu. SARS-CoV-2 proteome microarray for mapping COVID-19 antibody interactions at amino acid resolution.bioRxiv2020.03.26.994756; doi: https://doi.org/10.1101/2020.03.26.994756.2. Xiaomei Zhang, Xian Wu, Dan Wang, Minya Lu, Xin Hou, Hongye Wang, Te Liang, Jiayu Dai, Hu Duan, Yingchun Xu, Yongzhe Li, Xiaobo Yu. Proteome-wide analysis of differentially-expressed SARS-CoV-2 antibodies in early COVID-19 infection.medRxiv2020.04.14.20064535; doi: https://doi.org/10.1101/2020.04.14.20064535.

1月28日，军事科学院军事医学研究院蛋白质组学国家重点实验室，被授予“科研实验室认可证书”，成为全军首家通过国家标准化体系认可的科研实验室。该实验室致力于从蛋白质组学领域探索攻克癌症，首开蛋白质组学独立完成胃癌、肝癌、肺癌分子分型先河。来源：澎湃新闻审读：谭录岗

央广网北京2月28日消息（记者贾斯曼）28日凌晨，英国《自然》杂志在线发表我国研究团队在早期肝细胞癌蛋白质组研究领域取得的重大科研成果。文章测定了早期肝细胞癌的蛋白质组表达谱和磷酸化蛋白质组图谱，发现了肝细胞癌精准治疗的潜在新靶点。成果截图该成果由军事科学院军事医学研究院生命组学研究所、国家蛋白质科学中心（北京）、蛋白质组学国家重点实验室贺福初院士团队、钱小红研究员团队联合复旦大学附属中山医院樊嘉院士团队、北京大学肿瘤医院邢宝才教授团队共同完成。科研人员根据101例早期肝细胞癌及配对癌旁组织样本的蛋白质组数据，将目前临床上认为的早期肝细胞癌患者，分成三种蛋白质组亚型，而不同亚型的患者具有不同的预后特征，术后需要对应不同的治疗方案。其中，第一类患者仅需手术，要防止过度治疗；第二类患者则需要手术加其他的辅助治疗，而第三类患者占比30％，术后发生复发转移的危险系数最大，是最后的“硬骨头”。科研人员发现在第三类患者的蛋白质组数据里，胆固醇代谢通路发生了重编程，其中侯选药靶胆固醇酯化酶的高表达具有最差的预后风险。通过抑制候选药靶——胆固醇酯化SOAT1，能减少细胞质膜上的胆固醇水平，有效抑制肿瘤细胞的增殖和迁移。科研人员进一步研究发现，SOAT1的一种小分子抑制剂“阿伐麦布”在肝癌患者的人源肿瘤异种移植模型上表现出良好的抗肿瘤效果，表明“阿伐麦布”有望成为治疗预后较差肝细胞癌患者的潜在靶向治疗药物。科研团队成员讨论质谱数据。（图片由军科院提供 洪楠/摄）研究团队首次发现胆固醇代谢途径重编程与肝细胞癌之间的直接联系，证实胆固醇酯化在肝癌发生中的重要意义，借助患者群蛋白质组学海量数据发现胆固醇酯化酶可用于早期肝癌的分型、预后及靶向治疗，其蛋白质水平在头颈癌、胃癌、前列腺癌、肾癌和甲状腺癌中均和患者的较差预后正相关，为发展新型抗癌药物提供了重要基础。据悉，这是2014年国家科技部全面启动“中国人类蛋白质组计划”以来，国家蛋白质科学中心（北京）首席科学家贺福初院士以通讯作者在《自然》杂志发表的第2篇标志性成果。中国是国际蛋白质组计划的重要参与者，也是人类肝脏蛋白质组计划的牵头实施方，中国科学家在肝细胞癌蛋白质组领城研究取得的这次重大突破，具有广泛的社会应用价值，是“中国人类蛋白质组计划”迎来的第一道曙光。

深科·浅说蛋白质组研究：生命天书的新解码？前不久，《自然》杂志在线发表了中国科学家在早期肝细胞癌蛋白质组研究领域取得的重大科研成果。这一研究测定了早期肝细胞癌的蛋白质组表达谱和磷酸化蛋白质组图谱，发现了肝细胞癌精准治疗的潜在新靶点——胆固醇酯化酶SOAT1。90%以上的肝癌属于肝细胞癌。对于普通人来说，这一研究最耀眼的成绩，是给治疗最凶险的一类肝细胞癌带来了希望；对于蛋白质组相关科研人员来说，这一成果是“中国人类蛋白质组计划迎来的第一道曙光”。该成果论文的通讯作者、国家蛋白质科学中心（北京）首席科学家贺福初院士认为：“这一成果证明，基因组学不能独打天下，现在轮到蛋白质组学上场了。”回顾此前有关癌症的研究成果，“基因”这个词是在抗癌场景中出现的高频词——科学家相信：人类的某些基因隐藏着打开癌症开关的钥匙。这一思路符合学界对基因组学的一贯期待，贺福初院士介绍：“人们1985年开始酝酿基因组计划的主要动力，就是希望能够通过描绘和破解基因蓝图，揭示人类生老病死的规律和本质。”但人们将基因图谱这本“天书”印出来后，发现解读“天书”依旧是一大难题。1994年澳大利亚科学家Marc Wikins首先提出蛋白质组学这一概念。简单来说，基因承载着人类的遗传物质，而蛋白质是遗传物质传递的最后一个环节，是生命活动的执行者，蛋白质是组成人体所有细胞和组织的重要成分。一个生物系统在特定状态下表达的所有种类的蛋白质就是蛋白质组。1998年，“认为基因组学的发展或许遇到了瓶颈”的贺福初开始转向蛋白质组学研究。2002年，贺福初成为“国际人类蛋白质组计划”的重要参与者，并带领中国科学家牵头实施人类肝脏蛋白质组计划，他相信“基因组学解决不了的问题，或许蛋白质组学能解决”。目前贺福初团队的研究思路与一些美国同行不同。据介绍，贺福初团队的思路是用蛋白质组学驱动的精准医学“领跑”国际精准医疗；而美国的研究主流策略是“蛋白基因组学”，即将蛋白质组的数据用于基因组的注释，蛋白质组的研究仍然需要“背靠”基因组、转录组。科学家们对蛋白质组学研究的价值存在争议。贺福初说，学界更为主流的观点是，蛋白质组学的研究只是基因组学研究的“注解”。而贺福初认为蛋白组研究不是基因组研究的“附庸”。以本次发表在《自然》杂志在线的研究为例，他希望更多人认同蛋白质组研究的价值和作用。贺福初团队的这项研究持续了5年。研究发现，在最凶险的一类肝细胞癌中，胆固醇稳态失调与病发有直接联系，具体来说，胆固醇酯化酶越活跃，这类患者的手术后复发或死亡风险越大。而如果胆固醇酯化酶SOAT1得到抑制，肿瘤的增殖和迁移能力也同时受到有效抑制。他们的研究还发现，胆固醇酯化酶SOAT1在头颈癌、胃癌、前列腺癌、肾癌和甲状腺癌中均和患者较差的术后转移和死亡表现正相关。贺福初认为，这种基于蛋白质组研究的“抗代谢失稳”的抗癌思路，或可成为继抗增殖抗癌疗法和免疫抑制抗癌疗法之后的抗癌新方向。在前不久举行的成果发布会上，施普林格 自然旗下自然科研大中华区总监保罗 埃文斯在祝贺视频中说：“《自然》杂志约有93%的拒稿率，因此这样一篇论文发表出来是一项很大的成就，我深信这项研究工作将为蛋白质组学所引导的精准医学的发展作出有力贡献。”“蛋白组是解读生命天书的利器。”该成果的第一作者、军事科学院军事医学研究院研究员姜颖相信：“蛋白质组学驱动的精准医学时代正向我们走来。”据悉，此前在“蛋白基因组学”研究模式的指导下，美国等国的科学家们已经完成的精准医疗分子分型包括：结直肠癌、乳腺癌、卵巢癌和胃癌等。张茜 来源：中国青年报

28日，军事科学院军事医学研究院蛋白质组学国家重点实验室，被授予“科研实验室认可证书”，成为全军首家通过国家标准化体系认可的科研实验室。该实验室致力于从蛋白质组学领域探索攻克癌症，首开蛋白质组学独立完成胃癌、肝癌、肺癌分子分型先河。为全速发动军事科研创新引擎，军事医学研究院党委机关对照国家认可委制定的科研实验室国家标准《科研实验室良好规范》，加强全院科研实验室规范化建设，并以蛋白质组学国家重点实验室作为先行试点。该实验室结合实际制定《科研实验室认可准则》，将实验室建设标准归纳为“人、机、料、法、环、档”6个方面，提出人员进出规范、检定校准常态、材料标识明确、实验方法科学、环境参数达标、档案采集及时等20项建设标准，形成了完整的实验室管理闭合环路。据悉，得益于规范化运行实践，该实验室取得显著成绩——领衔实施“中国人蛋白质组计划”，首先开展蛋白质组学胃癌、肝癌、肺癌分子分型研究，首先提倡蛋白质组学驱动的精准医学（PDPM）研究范式，在国家科技部2个五年评估中蝉联优秀。原标题：全军首家！军队蛋白质组学实验室通过国家认可来源：综合 央视军事 央广网流程编辑：tf004【来源：北晚新视觉网】声明：转载此文是出于传递更多信息之目的。若有来源标注错误或侵犯了您的合法权益，请作者持权属证明与本网联系，我们将及时更正、删除，谢谢。 邮箱地址：newmedia@xxcb.cn

今年3月25日，总投资180亿元的中国数码港·沈抚生命科学园项目签约，这也是蛋白质药物国家工程研究中心的全国首个分中心。作为示范区六大主导产业中生命健康产业的龙头项目，该项目的产业部分投资占比约为78%，为示范区再添强力引擎。半年过去，随着准备环节进入尾声，该项目开工在即，吸引了社会各界的广泛关注，也将为项目进一步建设发展拉开序幕。△项目设计效果图健康是个人人生的第一财富，每个健康的个体构成了人类社会全面发展的良好基础。党的十八届五中全会以来，“健康中国”上升到了国家战略层面。近年来，随着产业升级的战略调整以及人们对健康、生活品质追求，许多欧美国家的生命健康产业总产值已占到了GDP的15%以上，生命健康产业成为全球最具成长性产业之一。2016年，辽宁省出台《辽宁省促进医药产业健康发展实施方案》，提出将在省内完成培育产业集聚区、推动重大药品产业化等10个重点任务。作为现代新兴产业，生命健康产业具有高科技、高附加值、低污染、市场前景广阔的显著特点。示范区此次引进该项目也是促进资产腾笼换鸟、实现产业升级、提升民生福祉、走高质量发展之路的必然选择。沈抚示范区把握大势、着眼长远，将生命健康产业作为示范区六大主导产业之一重点发展。截至目前，已引入方大生命健康产业小镇、一方·天年大数据医疗产业园、沈抚恒大养生谷、中国北方健康食品产业园、七喜精准医疗、辽宁省疾病预防控制中心、辽宁省职业病防治院等多个重量级项目。签约后，示范区招商引资服务队伍以良好的服务态度、快捷的服务速度、有感情的服务温度、有质量的服务精度对项目进行全面服务，让项目无忧入区、让企业安心发展。作为“国家队”的代表，中国数码港·沈抚生命科学园项目将为示范区发展生命健康产业起到强力的引领带动作用。项目将依托蛋白质药物国家工程研究中心雄厚的国家背景和企业渠道资源，以及中国数码港集团等融资渠道，围绕技术和药物研发、检测、诊疗、科研平台建设、产品工程化产业化、社会医疗服务、健康养老服务、技术支持服务、众创孵化、人才实训、健康宜居、关联金融服务等全产业链延展进行搭建，为示范区提供产业引进和先进技术转移的专业支持，在生命健康领域逐步实现立足沈抚，服务辽宁，面向东北，走向全国的战略布局。

来源:新华社解放军分社新华社北京3月10日电（王东明、宋冬、庄颖娜）弥漫型胃癌到底是一种病还是几种病？患者预计生存时间多长？术后接受化疗是否有效？中国科学家的最新研究结果表明，弥漫型胃癌在蛋白质组层面可分为3个亚型，不同亚型患者总生存时间和对化疗敏感性不同。北京时间3月8日，国际著名学术期刊《自然·通讯》在线发表了这项由解放军军事科学院军事医学研究院与北京大学肿瘤医院共同开展的弥漫型胃癌蛋白质组研究最新成果。资料照片：军事医学研究院国家蛋白质科学中心（北京）主任、研究员秦钧军事医学研究院国家蛋白质科学中心（北京）主任、研究员秦钧介绍，这种蛋白质组分型不依赖于任何基因组信息，体现出作为功能直接执行者的蛋白质在临床科学中所提供信息的重要性和全面性，可以为胃癌的精准医疗提供直接依据。胃癌从形态学上可分为肠型、弥漫型和混合型，其中弥漫型胃癌被称为“胃癌中的胃癌”，目前尚无有效的靶向疗法。数据显示，中国胃癌每年新发病例约为68万例，占全球发病病例的一半左右。秦钧说，大家熟悉的基因测序只能为肿瘤的精准医疗提供非常有限的线索，这个困惑现在可以在蛋白质层面上解决，“将来在临床上，对肿瘤进行蛋白质组分析，就可以知道这是哪种肿瘤，应采取哪种治疗方法，不应采取哪种治疗方法。”这项研究中，科研团队还筛选出23个与患者预计生存时间密切相关的胃癌候选蛋白药物靶标，秦钧表示：“这提示，针对这些靶点最有可能研发出有效的胃癌靶向治疗药物。”资料照片：军事医学研究院国家蛋白质科学中心（北京）蛋白质组学科研平台2012年起，秦钧率团队开启了绘制首个弥漫型胃癌蛋白质组学图谱和肿瘤驱动基因变异图谱的征程。2016年6月，科研团队基本完成84对胃癌与癌旁组织样品的质谱测量工作，共鉴定到11340个不同基因产物，这些蛋白质覆盖了肿瘤细胞及肿瘤微环境所有可能表达的蛋白,从而首次描绘了弥漫型胃癌的蛋白质组全谱。资料照片：军事医学研究院国家蛋白质科学中心（北京）生物信息学科研平台

中青在线上海8月29日电（中国青年报·中青在线记者王烨捷 邢婷）耗资7.56亿元、总建筑面积超过3万平方米的高规格实验室，居然免费向各大科研机构开放。记者今天在国家蛋白质科学研究中心（上海）深度体验到这处拥有全世界最顶尖蛋白质相关实验设施的场地如何炫酷。相关领域的科学家们做尖端实验，再也不用为昂贵的试验设备担心了，通过这个蛋白质研究中心的官网申请，符合要求即可预约在上海做实验，使用全球最好的实验设施。2017年9月，位于上海的张江实验室揭牌成立，蛋白质实验室成为第一个划入张江实验室的国家重大科技基础设施，由张江实验室统一管理，依托法人单位变更为中科院上海高等研究院。中科院青岛生物能源与过程研究所助理研究员安辽原在蛋白质实验室做实验。此前他通过网站申请来上海免费使用先进仪器做实验，实验期间自费租住在实验室附近旅馆内。中国青年报·中青在线见习记者 贾梦梦摄据悉，只要是获得过国家基金资助的科研项目，无论是高校项目、科研机构项目还是企业项目，都可以通过官网申请到这里来做实验。该试验中心拥有9大技术系统，包括我国自主研制的自动化蛋白质制备系统、蛋白质结构与动态分析系统，300KV电镜为主的集成电镜分析系统、系列质谱组成的蛋白质修饰与相互作用分析系统、超高分辨率显微镜等组成的复合激光显微镜系统等。上述系统各项指标均达到了项目设计的性能指标，部分指标达到国际领先水平。海归博士后彭超现在是蛋白质实验室质谱系统负责人，他告诉记者，现在质谱系统一周会收到世界各地寄来的约200个样品，每一件样品每一小时都能产生海量的数据，实验室要根据样品提供者的需求，实验并搜集其中有用的数据以帮助科学家们进行下一步研究。“很多机构的实验室并没有专人做质谱实验、分析，我们的7人团队，能为很多机构专业快速地‘代劳’质谱分析。”彭超说，质检、食药监、公安等部门对质谱分析需求极大，此外质谱分析还可以检测空气污染、尿液小分子超标、疾病蛋白质表达等关键问题，可以发挥的空间很大。张江实验室脑与智能科技研究院院长、中科院上海分院副院长、院士张旭告诉记者，蛋白质实验室的布局具有重要的战略意义，“蛋白质是脑科学信号传递、采集的主要物质，也是疾病诊断、药物抗体、疫苗、生物技术、现代农业中的重要战略资源。如果把蛋白质相关的生命科学研究和信息技术结合到一起，就可以行进到类脑智能交叉学科。张旭说，张江这片区域特别适合发展交叉学科的研究。一方面，这里产业、研究机构集聚，“不像大学，一个研究所的研究目的很明确，只研究自己的领域就好”；另一方面，这里正在打造的“张江实验室”为各种机构都提供了进行学科交叉、互动的机会。以蛋白质实验室为例，这里可以进行生命科学、信息技术、工程技术的多方位交叉实验，为未来我国人工智能的发展提供坚实的基础。