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进入二十一世纪以来,研究生教育事业得到了跨越式的发展,目前,学校拥有了海洋学科和水产学科全部的博士点,全校有6个博士学位授权一级学科点、8个博士后流动站、44个博士学位授权学科专业,17个硕士学位授权一级学科点、131个硕士学位授权学科专业,1个工商管理硕士(MBA)专业学位授予权点、1个公共管理硕士(MPA)专业学位授予权点、1个法律硕士(J.M)专业学位授予权点、1个会计硕士(MPAcc)专业学位授予权点、13个领域具有工程硕士专业学位授予权、2个领域具有农业推广硕士学位授予权,12个专业具有高校教师在职攻读硕士学位授予权、5个专业具有中职教师在职攻读硕士学位授予权。学校有2个一级学科国家重点学科、9个二级学科国家重点学科、7个教育部重点实验室、3个教育部工程研究中心,17个山东省重点学科、2个山东省工程研究中心、9个山东省高校重点实验室、3个青岛市重点实验室。国家海洋药物工程技术研究中心和联合国教科文组织中国海洋生物工程中心设在我校。还拥有2个国家基础科学研究和教学人才培养基地,1个国家生命科学与技术人才培养基地,1个“985工程”哲学社会科学创新基地,1个教育部人文社会科学重点研究基地,1个国家文化产业研究中心和1个山东省人文社会科学研究基地。2006年9月28日,由教育部和国家海洋局共建,设在中国海洋大学的中国海洋发展研究中心揭牌运行。由教育部主管、依托中国海洋大学等青岛海洋研究优势单位联合建设的青岛海洋科学与技术国家实验室建设方案已于2007年9月通过论证,标志着青岛海洋科学与技术国家实验室已进入实质建设阶段。