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黑龙江八一农垦大学主要有农学院、工程学院、动物科技学院、经济管理学院、食品学院、人文社会科学学院、信息技术学院、生命科学技术学院、文理学院、应用技术学院十大学院,此外还有继续教育学院、军事体育部、思想政治理论课教学研究部。各学院科系设置如下:农学院农学 植物保护(省级重点专业) 园艺 园林 农业资源与环境 环境科学动物科技学院动物科学 动物医学 动物药学草业科学工程学院农业机械化及其自动化(国家级特色专业,省级重点专业) 土木工程机械设计制造及其自动化 建筑环境与设备工程交通运输 工业设计经济管理学院会计学 财务管理 农林经济管理 人力资源管理 市场营销 物流管理国际经济与贸易食品学院食品科学与工程(省级重点专业)食品质量与安全 包装工程 粮食工程人文社会科学学院社会工作公共事业管理政治学与行政性信息技术学院电气工程及其自动化 计算机科学与技术 农业电气化与自动化 通信工程电子信息工程生命科学技术学院生物科学 生物技术(省级重点专业)生物工程 制药工程文理学院英语 信息与计算科学应用技术学院农学 生物医学机械设计制造及其自动化高等职业技术学院园艺技术 畜牧兽医动物防疫与检疫 食品加工技术(乳品加工方向)食品生物技术 数控技术机电一体化 工程监理 市场营销文秘