代谢组学的研究方法

代谢组学的研究方法与蛋白质组学的方法类似，通常有两种方法。一种方法称作代谢物指纹分析 （metabolomic fingerprinting），采用液相色谱-质谱联用（LC-MS）的方法，比较不同血样中各自的代谢产物以确定其中所有的代谢产物。从本质上来说，代谢指纹分析涉及比较不同个体中代谢产物的质谱峰，最终了解不同化合物的结构，建立一套完备的识别这些不同化合物特征的分析方法。另一种方法是代谢轮廓分析（metabolomic profiling）,研究人员假定了一条特定的代谢途径，并对此进行更深入的研究。对于代谢产物来说，不仅只有质谱峰这个特征。更进一步说，质谱（MS）并不能检测出所有的代谢产物，并不是因为质谱的灵敏度不够，而是由于质谱只能检测离子化的物质，但有些代谢产物在质谱仪中不能被离子化。采用核磁共振（NMR）的方法，可以弥补色谱的不足。剑桥大学的Jules Griffin博士，正在使用质谱与核磁共振结合的方法，试图建立机体中的完整代谢途径图谱。Griffin用核磁共振检测高丰度的代谢产物，由于核磁共振检测的灵敏度不高，所以只用于分析低丰度代谢产物。过去，只有毒理学方面的研究使用核磁共振，而质谱只在植物代谢研究中采用。如今，这两种方法在代谢组学研究中已经普遍使用。为在不同样品间进行有意义的比较，研究人员必须结合使用这两种方法获得的大量数据进行分析。此外，还需要结合基因组学研究获得的数据。Gary Siuzdak博士在美国克利普斯研究院（TSRI）从事生物信息学问题的研究，他设计了一个分析来自不同样品代谢产物变化的实验方案。研究人员可以通过生物信息学软件XEMS比较不同的数据，从而识别出代谢产物。软件提供了所有代谢产物的分子量数据，这些代谢产物浓度因不同的个体而变化。公众可以从网上免费获取这些数据。Siuzdak博士表示，他们正采用综合研究的方法进行代谢组学研究，试图检测出尽可能多的代谢产物，超越人们过去使用方法所能达到的目标。通过个体研究，希望能在一定程度上识别出与应激有关的新分子，这些应激物可能是一种疾病，一种敲除酶，或者是其他的物质。

阐述代谢组学研究中对代谢物进行分离分析的常用技术有哪些代谢组学的研究方法与蛋白质组学的方法类似，通常有两种方法。一种方法称作代谢物指纹分析 （metabolomic fingerprinting），采用液相色谱-质谱联用（LC-MS）的方法，比较不同血样中各自的代谢产物以确定其中所有的代谢产物。从本质上来说，代谢指纹分析涉及比较不同个体中代谢产物的质谱峰，最终了解不同化合物的结构，建立一套完备的识别这些不同化合物特征的分析方法。另一种方法是代谢轮廓分析（metabolomic profiling）,研究人员假定了一条特定的代谢途径，并对此进行更深入的研究。对于代谢产物来说，不仅只有质谱峰这个特征。更进一步说，质谱（MS）并不能检测出所有的代谢产物，并不是因为质谱的灵敏度不够，而是由于质谱只能检测离子化的物质，但有些代谢产物在质谱仪中不能被离子化。采用核磁共振（NMR）的方法，可以弥补色谱的不足。剑桥大学的Jules Griffin博士，正在使用质谱与核磁共振结合的方法，试图建立机体中的完整代谢途径图谱。Griffin用核磁共振检测高丰度的代谢产物，由于核磁共振检测的灵敏度不高，所以只用于分析低丰度代谢产物。

为什么代谢组学分析代谢物的分子量要小于1000代谢组学是对一系列相似的生物样本中的代谢物进行比较分析的学科.代谢物在生物系统中起着至关重要的作用,因此代谢组学可用于发现和鉴定生物标志物,或更好地了解物或疾病对已知和未知生物通路的影响.成功的代谢物组学研究依赖于有效的代谢物提取.对于非靶向代谢组学研究,需要提取细胞和体液中的多种代谢物,并去除无需分析的蛋白质等成分.再加上代谢物的理化性质多样,丰度动辄相差若干数量级,更进一步增加了提取的难度.液液萃取这种两相分离方法常被用于代谢物的提取.液液萃取中有机溶剂和水溶液的性质、体积、溶剂比例、水溶液的pH 值都必须仔细考虑.这些因素会显著影响提取的代谢物数量和实验的重现性.本应用报告介绍了采用液液萃取提取红细胞代谢物的方法.结果表明,调整水相/有机相的比例对于两相分离非常重要.同时水相pH 值对提取的代谢物数量也有很大影响,为了提取尽可能多的代谢物,需要采用多个pH 值进行提取.

是不错的，但是代谢组本身还是一个发展中的新型学科，一些关键性技术还有待突破，如果你只想使用代谢组学而不去深入的研究它的话就应该没问题，如果想要进一步研究代谢组学方法就需要有相当的分析化学知识。现在世界前十的药厂都在使用代谢组学进行药学研究，所以它在里面的前景肯定是不会差的。随着技术的发展肯定会越来越好。代谢组学是继基因组学和蛋白质组学之后新近发展起来的一门学科，是系统生物学的重要组成部分。之后得到迅速发展并渗透到多项领域，比如疾病诊断、医药研制开发、营养食品科学、毒理学、环境学，植物学等与人类健康护理密切相关的领域。与基因组学和蛋白质组学相比，代谢组学将在临床上发挥更大的作用。许多公司通过市场研究发现，健康人并不希望进行基因型分析，所以，对于这些人群来说，基因组学研究在临床上的应用很有限。而代谢组学与临床化学较为相似，且相对于基因组学来说，提供的个人信息更少，故其在临床上的应用有可能产生一定的影响。较低的费用，是促使代谢组学在临床上易于接受的另一个原因。Griffin博士指出，与其他“组学”研究相比，代谢组学的费用更低，研究人员可以通过代谢组学研究筛检出代谢产物，然后采用更昂贵的基因组学和蛋白质组学的方法对有意义的代谢产物进一步加以研究。首先，必须识别出代谢产物，这并不是简单的工作。Siuzak博士认为，代谢组学研究最大的挑战就在于对代谢产物的识别，这也是最有趣的方面，而更具挑战性的工作，是进一步确认所有代谢物的功能。此外，质谱分析发现，代谢产物的同质性不高，由于缺乏均匀性，使色谱分析变得更加困难，无法识别出样品中的未知物质。

靶向代谢组学新技术，区别于传统的非定向代谢组学，具有如下优势：1.样品种类多：生物流体（血液、尿、唾液、肠道微生物）、环境样品、细胞、动植物组织、污水、药品、食品。2.化合物涵盖广：包括脂类、维生素、核苷酸、神经递质等700种代谢产物，涵盖所有主要代谢途径。3.分析时间短：我们的方法能在30min同时测定并准确鉴定出700种化合物。4.复杂的数据处理：专业的数据处理方法和软件，能对所得数据进行PLS-DA,PCA,ANOVA,VIP,Biomarker等分析。

去百度文库，查看完整内容>内容来自用户:中国学术期刊网代谢组学血浆样品前处理及其快速高分辨液相色谱质谱分析方法研究摘要采用快速高分辨液相色谱质谱联用技术，对代谢组学研究中血浆样品的前处理方法进行了考察及优化，建立了用于血浆中小分子代谢物分析的前处理方法。通过考察有机溶剂沉淀蛋白（不同溶剂系统）和固相萃取（solid phase extraction, spe）两种方法对血浆中蛋白质去除程度及16个代表性化合物的提取效果，确定采用乙腈沉淀蛋白法；进一步对乙腈沉淀蛋白法进行了细致的优化，确定使用3倍体积的冷藏乙腈慢速沉淀可以达到最佳的处理效果。对血浆中10种代表性化合物进行了方法学考察，结果表明，本方法重现性、精密度及样品冻融稳定性均良好。对穿插在检测序列中的生物质控样本检测结果进行主成分分析（principal component analysis, pca），证明本方法在代谢组学研究中的可重复性及获得的数据的可靠性良好，适用于代谢组学研究。关键词代谢组学；血浆前处理方法；快速高分辨液相色谱质谱联用技术1引言代谢组学是研究生物体内源性代谢物的整体及其变化规律的科学[1～4]，作为系统生物学的重要组成部分得到了迅速发展，并在制药、药物毒理等领域得到了成功应用[5～9]。人体血浆作为代谢组学研究中的重要体液样本，其中含有2䥺对乙腈沉淀蛋白方法中沉淀溶剂的体积及温度进行了优化。分别选择血浆与乙腈的体积比为方法的精密度考察fig2 nicholson j k, lindon j c, holmes e.9 lenz e m, br

还不太会，你回了么

就是把mRNARNA-seq即转录组测序技术。反映出它们的表达水平,smallRNA,and NONcoding RNA等或者其中一些用高通量测序技术把它们的序列测出来

代谢组学的代谢通路富集分析和MYROLE该怎么用代谢组学是对一系列相似的生物样本中的代谢物进行比较分析的学科。代谢物在生物系统中起着至关重要的作用，因此代谢组学可用于发现和鉴定生物标志物，或更好地了解物或疾病对已知和未知生物通路的影响。成功的代谢物组学研究依赖于有效的代谢物提取。对于非靶向代谢组学研究，需要提取细胞和体液中的多种代谢物，并去除无需分析的蛋白质等成分。再加上代谢物的理化性质多样，丰度动辄相差若干数量级，更进一步增加了提取的难度。液液萃取这种两相分离方法常被用于代谢物的提取。液液萃取中有机溶剂和水溶液的性质、体积、溶剂比例、水溶液的pH 值都必须仔细考虑。这些因素会显著影响提取的代谢物数量和实验的重现性。本应用报告介绍了采用液液萃取提取红细胞代谢物的方法。结果表明，调整水相/有机相的比例对于两相分离非常重要。同时水相pH 值对提取的代谢物数量也有很大影响，为了提取尽可能多的代谢物，需要采用多个pH 值进行提取。